인식 할 수없는 옵션 : I picard.jar

Question

picard.jar를 사용하여 BMA 파일을 FASTQ 형식으로 변환하려고합니다.

ERROR: Unrecognized option: I

나는 완전히 혼란 스러워요, 어떤 생각 :

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq 

그러나 나는이 오류 메시지를 받았습니다 : 이것은 내 명령이다?

Answer 1

백 슬래시

를 제거

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I=chr2chr3.bam FASTQ=chr2chr3.f1.fastq SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq 

참고 :

• 당신의 fastqs을 압축 BAM은

  에있는 작은 오류를 무시할 수 있습니다 java -jar/opt/picard-tools /picard.jar SamToFastq I = chr2chr3.bam FASTQ = chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ = chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY = 관대

  생물 정보학 질문에 대한

• , 당신은 더 나은 물어 것 https://www.biostars.org/ 또는 http://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

Answer 2

시도해보십시오 :

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq