bioinformatics

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에서 makeContrasts 내가 R. 선형 회귀 모델링을 통해 어떤 대비를하고 싶으면 내가 가지고있는 다음과 같은 데이터, mat1 : 나는 디자인 행렬을 만들려면 다음 코드를 사용 Gene1 Gene2 Gene3 1 5.89 7.45 2.66 2 8.99 5.39 1.58 3 3.67 6.88 4.82 4 8.25 8.76 3.58

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R (xyplot)에서 로그 축을 만들려고 할 때 오류가 발생했습니다. Math.factor (x, xbase) : 요소에 'log'가 의미가 없습니다.

TL : 위와 같은 오류가 발생합니다. 나는 그것을 해결 나는 R 상대적으로 새로운 이야 때문에, 이것은 나를 난처한 상황에 빠진 나는 두 축이 로그 변환 내가 여기까지 왔된다 xyplot을 만들려고 해요?.. Error in Math.factor(x, xbase) : ‘log’ not meaningful for factors : library(lattic

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BioPython : 아미노산 서열에 'J'가 들어있어 분자량을 계산할 수 없습니다.

색인 1의 아미노산 서열을 가지고있는 Excel 파일에 제가 작업하고있는 데이터가 있습니다. 다른 속성을 계산하려고합니다. BioPython을 사용하여 시퀀스를 기반으로합니다. 지금 가지고있는 코드는 다음과 같습니다. import xlrd import sys from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis

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간단한 심전도 파형 샘플?

생물 의학 기술 학생들을위한 프로그래밍 수업의 소개를 위해 간단한 데모 응용 프로그램의 ECG 파형 샘플을 찾고 있습니다. 그들은 심플한 심전도 차트 레코더를 만들기 위해 파형을 화면에 표시합니다. 네, 저는 MIT-BIH Normal Sinus Rhythm Database에 대해 알고 있습니다. 그러나 그건 내 목적에 너무 복잡합니다. 학생들이 프로그래밍

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다중 입력을 위해 python에서 Fortran 프로그램을 실행하는 방법

저는 Fortran 프로그램을 가지고 있고 여러 파일을 위해 python으로 실행하려고합니다. 2000 개의 입력 파일이 있지만 Fortran 코드에서 한 번에 하나의 파일 만 실행할 수 있습니다. 파이썬으로 Fortran 프로그램을 어떻게 호출해야합니까? 내 스크립트 : import subprocess import glob input = glob.gl

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Seurat 객체에 메타 데이터 추가

단일 셀 RNA-Seq 분석을 위해 "Seurat"라는 R 패키지로 작업하고 있습니다. Seurat 개체에 개별 셀 샘플에 대한 메타 데이터 정보를 추가하려고합니다. 그러나 하류 플로팅 명령이 작동하지 않습니다. 메타 데이터가 올바른 슬롯과 열에 추가되었는지 확인하기 위해 수정 된 Seurat 개체를 검사하는 방법을 알고있는 사람이 있는지 궁금합니다. 메타

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Perl 스크립트가 Tabix 폴더에 액세스 할 수 없습니다.

EMBL (여기 https://github.com/EMBL-EBI-GCA/reseqtrack/blob/master/scripts/variation_data/calculate_allele_frq_from_vcf.pl에서 찾을 수 있음)에서 Perl 스크립트를 실행하고 있습니다. 우분투 16.10에서는 Vcftools와 Tabix가 필요에 따라 설치되었으며 그

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긴 폴링 기능으로 AJAX 요청을 중단합니다.

백그라운드 작업 (BLAST program)을 모니터링 할 수있는 응용 프로그램을 구현 중입니다. PID가 0 일 때 폴링 프로세스를 중지하고 싶습니다. 그러나 내 폴링 예제에서 폴링 프로세스는 abort() 기능을 사용하더라도 계속 실행됩니다. 이 솔루션은 저에게 효과가 없습니다. var poll_xhr; (function doPoll() {

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파이썬에서 가능한 모든 순열을 어떻게 생성합니까?

나는 생물 정보학 문제를 풀려고 노력하고있다. 기본적으로 사용자는 정수를 입력하고 귀속 된 정수의 길이 인 A, C, G, T의 모든 가능한 순열을 출력합니다. 정수는 예를 들어 4 클 수 있습니다 : 만약 사용자 입력이, 내가 출력 : ['AA', 'AC', 'AG', 'AT', 'CA', 'CC', 'CG', 'CT', 'GA', 'GC', 'GG',

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pubmed에서 최신 논문을 얻는 방법

이것은 약간의 특정 질문이지만, 누군가는 전에 이것을 했어야합니다. pubmed에서 최신 논문을 얻고 싶습니다. 특정 주제에 관한 논문이 아니라 모든 주제. 내가 수정 날짜 (mdat)에 따라 쿼리를 생각. biopython.py를 사용하고 내 코드는 다음과 같습니다. handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxd