bioconductor

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ggtree 패키지 v1.8.2를 설치했으며 getSubtree 함수를 사용하고 싶습니다. getSubtree (에서 오류) : 그러나 내가 의외 오류 : 얻을 내가 ggtree 패키지의 구성원으로 Rstudio 도움말에서 fuction를 참조하더라도 을 기능 "getSubtree"를 찾을 수 없습니다 및 패키지 설명에서 언급했듯이 : https://bio

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rtracklayer에 따라 R 패키지를 설치할 수 없습니다. R3.4.0

내 Mac에서 R을 R3.4.0으로 업데이트했습니다. 불행히도 지금은 rtracklayer에 의존하는 생체 컨덕터 패키지를 설치할 수 없습니다. 나는 Bioc version 3.5과 R version 3.4.0 내가 BiocInstaller (V. 1.26.0)의 최신 버전을 설치해야합니다. affy, limma 또는 이와 유사한 bioc에서 패키지를 설치

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은 BLOSUM

내가 뭔가 자신에 대한 각 시퀀스를 비교한다 library(Biostrings) seq_test <- c("PAWHEAE", "HEAGAWGHEE", "CAWEKDRRTEAFF", "CASSLVFGQGDNIQYF") aligned <- pairwiseAlignment(seq_test, seq_test, substitutionMatrix="BLOSUM

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deseq2에 대한 rangedummarizedexperiment

차별 유전자 표현을 위해 R에서 DESeq2 패키지를 사용하려하지만 입력 데이터에서 필요한 RangedSummarizedExperiment 객체를 만드는 데 문제가 있습니다. 이 작업을 수행하기 위해 여러 가지 자습서와 비 네트를 찾았지만 모두 내 것과 다른 원시 데이터 세트에 적용되는 것 같습니다. 내 데이터에는 행 이름과 환자 ID 같은 열 이름이 있으

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dada2 설치가 작동하지 않습니다.

R 3.4.0에서 DADA2를 설치하려고했습니다. 그러나 (내가 처음 Rtools 3.4.0 설치) > install.packages("~/Tuto_DADA2", repos = NULL, type = "source", dependencies = c("Depends", "Suggests","Imports")) '\\CXXXW0001\Users\RXXXAn\

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BiocParallel이 직렬보다 훨씬 더 오래 실행되는 병렬 처리

R에서 부스트 된 회귀 트리를 빠르게 실행하기 위해 병렬 처리를 사용하려고합니다. BiocParallel 패키지 (http://lcolladotor.github.io/2016/03/07/BiocParallel/#.WiqF7bQ-e3c)를 사용하고 있습니다. 몇 가지 더미 데이터를 만든 다음 두 개의 BRT 모델을 실행하는 기능을 설정했습니다. 직렬 모델에서

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conda skeleton cran가 잘못된 버전의 R을 사용합니다.

생물 정보학 파이프 라인에 Python과 R 패키지 조합을 사용하고 있기 때문에 CRAN에서 일부 R 패키지를 콘도 환경에서 사용하려고합니다. 때문에 다른 종속성, 내가 파이썬과 RI의 버전으로 BRANDNEW 환경을 만들어 버전 3.3 에서 R을 유지할 필요가 원하는 : $의 CONDA는 = 파이썬 bioinfo 3.6.3 R = 3.3 -n 만들 수 있

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mas5 정규화 오류 : 함수에 대해 상속 된 메서드를 찾을 수 없습니다.

목표 : mas5 데이터 정규화. 문제 : 나는 다음과 같은 R 코드를하려고 할 때, 나는이 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 내가 SO에 보았다 얻고, 다음 발견 What does thi

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GO.db - 최신 Gene Ontology 주석 얻기

Gene Ontology에 관한 정보를 얻기 위해 R (v3.3.2)에서 GO.db 패키지를 사용 중입니다. GO.db 명령을 실행하여 내 특수 효과가 오래되었음을 알 수 있습니다. (나는 2017 년에 발표 된 더 새로운 주석 집합이 있다는 것을 알고있다). > GO.db GODb object: | GOSOURCENAME: Gene Ontology

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내 버전에서 사용할 수없는 경우 libxml2 패키지를 R에 설치하는 방법은 무엇입니까?

"DESeq2"패키지를 R에 설치하려고했지만 xml2 구성 파일이 누락되었습니다. libxml2 패키지를 설치하여 얻을 수있는 어딘가에 있지만, R 버전 3.4.2에서 사용할 수 없다는 오류가 발생했습니다. 누구나 무엇을 해야할지 알고 있습니까? 그것은 즉시 작동하지 않았다하지만 R은 libxml2를-dev에 설치할 것을 권장 쓴 @amarchin 실행 한