bioconductor

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사전 처리 된 표현식 행렬에서 eset 객체 생성 중?

나는 R로 일부 유전자 발현 데이터를 분석 중이다. 나는 limma의 eBayes (limma는 BioConductor의 일부 임)와 차등 유전자 발현 분석을하고 싶지만, 그렇게하려면 내 표현 데이터를 eset 객체로 가질 필요가있다. 문제는 데이터를 사전 처리하고 CEL 파일이 없기 때문에 직접 eset 객체로 변환 할 수 있다는 것입니다. 인터넷에서 검

r expression bioinformatics bayesian bioconductor 2014-08-30

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패키지 sangerseqR에서 사용할 파일을 어떻게 가져 옵니까?

나는 library(sangerseqR) x <- read.abif(system.file("extdata", "heterozygous.ab1", package = "sangerseqR")) 은 내가 x <- read.abif(system.file("extdata", file.choose() , package = "sangerseqR")) 하지만 오

r sequence bioconductor 2014-12-09

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Rdf5에서 rhdf5를 사용하여 hdf5 파일의 데이터 세트 차원을 업데이트 할 수 있습니까?

hdf5 파일에서 하나의 그룹 내에서 7 개의 데이터 세트를 업데이트하려고하지만 업데이트 된 데이터 세트의 크기가 원본과 크기가 다릅니다 (그러나 동일한 치수, 즉 1D, 2D 및 3D). 데이터 집합을 업데이트하기 위해 차원 속성을 변경하는 방법이 있습니까? 또는 이전 그룹을 삭제 한 다음 새 그룹을 만들 수 있습니까? 나는 다소 복잡하기 때문에 전체 h

r hdf5 bioconductor 2014-09-09

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가장자리가있는 산점도 DESeq Voom

나는 RNAseq에서 새롭고, limma 패키지의 edgeR, DESeq 및 Voom을 사용하여 차동 분석을 시작했습니다. 제가 보통 30 쌍의 데이터 프레임을 각각의 방법은 상이하고, I는 I 사용하는 방법에있어서, 각 쌍의 산점도를 수행하고자하는 다른 결과를 얻을 수 있기 때문에 종 양성이 를 어떤 조직이. 테스트를 수행하는 데 정확히 사용 된 데이터를

r bioconductor 2014-12-19

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R Jupyter 노트북에 bioconductor 패키지 'rain'을 설치할 수 있습니까?

Jupyter 노트북에 R 용 bioconductor rain package을 설치하고 싶습니다. Warning message: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message: In i

r bioinformatics jupyter-notebook bioconductor installation-package 2016-06-28

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메시지 인쇄/표시 방지 방법

이 질문은 이전에 질문되었습니다 만 답변이 아니라면 저에게 도움이됩니다. bioconductor.org의 rhdf5 라이브러리를 사용하여 HDF5 파일을 읽습니다. source ("http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite ("rhdf5"); 라이브러리 (rhdf5); 나는 다음과 같은 경고 메시지가 인쇄 된 참조를

r rstudio suppress-warnings bioconductor rhdf5 2016-06-30

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Go 주석을 지원하는 증거 코드에 따라 신념을 지정하십시오.

증거 코드로 표현되는 특정 용어에 대해 Go annotation이 어떻게 지원되는지에 대해 어느 정도의 신념을 부여하고자합니다. evidence codes의 다른 유형이있다 : 실험 증거 코드 (IDA, IEP, IGI, IMI, IPI) 저자 성명 증거 코드 (NAS, TAS) 큐레이터 문 코드 (IC, ND는 다른 사람에게) 전산 분석 증거 코드 (IS

r bioinformatics bioconductor 2016-07-03

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오류 : 'AnnotationDbi'에 필요한 패키지 'DBI'가 R (v 2.7.0)에서 찾을 수 없습니다.

이전 버전의 R (Windows 버전 2.7.0)을 설치합니다. R에 bioconductor을 사용하기 위해 사용 source("http://bioconductor.org/getBioC.R") biocLite("GO.db") library("GO.db") 내가 GO.db를로드 할 때, 그것은 제공 오류 : Loading required package:

r package bioconductor 2016-07-07

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RNA 분해 플롯 : 왜 커브가 부드럽습니까?

Affymetrix microarrays에서 데이터를 분석하고 있습니다. 나는 왜 RNA 분해 플롯에서 그러한 부드러운 곡선을 얻는 지 이해하지 못합니다. 내가 사용하는 스크립트에 문제가 있습니까 : 내가 이런 날카로운 곡선을 기대 : 이것은 내가 무엇을 얻을? degradation <- AffyRNAdeg(Data) plotAffyRNAdeg(degra

r bioinformatics bioconductor 2015-01-08

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R centOS에서 biocLite를 사용할 수 없습니다. 7 - read.table의 오류입니다.

저는 centos 7에서 R을 사용하고 있습니다. 생물 도체 패키지를 설치하려고하면 다음 오류가 발생합니다. > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), ?biocLite for help > biocLite("affy") Er

r read.table bioconductor centos7 2014-11-20

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