R Jupyter 노트북에 bioconductor 패키지 'rain'을 설치할 수 있습니까?

Question

Jupyter 노트북에 R 용 bioconductor rain package을 설치하고 싶습니다.

Warning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status 

:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rain") 

나는 다음과 같은 오류가 발생합니다 :에 R 목성 노트북 -

나는 위의 링크 된 웹 사이트에 주어진 지시에 따라 Jupyter 노트북에이 패키지를 설치할 수 없습니다입니다 다음 명령 줄을 사용하여 Jupyter (DESeq2)에 다른 생물 도체 패키지를 설치할 수있었습니다 :

conda install bioconductor-deseq2 

그러나 deseq2와 달리 rain 패키지가 아나콘다 클라우드에 없기 때문에이 방법은 rain 패키지에서는 작동하지 않습니다.

Jupyter에서 아나콘다 구름 (비 패키지와 같은)이 아닌 생물 도체 패키지를 설치할 수 있습니까? 그렇다면 어떻게해야합니까?

감사합니다.

Answer 1

나는 내 문제에 대한 해결책을 찾았습니다. IRkernel을 설치하는 방법은 CRAN + Github (지침 : http://irkernel.github.io/)과 2) r-irkernel이라는 conda 패키지로 IRkernel을 설치하는 두 가지 방법이 있습니다. 나중에 사용했던 나중의 방법은 설치 가능한 패키지의 측면에서 기능이 제한적인 R의 자체 버전 인 R을 설치하고 실행합니다. CRAN + Github 방법을 사용하면 Jupyter는 컴퓨터에 이미 설치된 R 버전을 실행할 수있는 패키지와 함께 사용할 수 있습니다.