나는 RNAseq에서 새롭고, limma 패키지의 edgeR, DESeq 및 Voom을 사용하여 차동 분석을 시작했습니다.가장자리가있는 산점도 DESeq Voom
제가 보통 30 쌍의 데이터 프레임을 각각의 방법은 상이하고, I는 I 사용하는 방법에있어서, 각 쌍의 산점도를 수행하고자하는 다른 결과를 얻을 수 있기 때문에 종 양성이
를 어떤 조직이. 테스트를 수행하는 데 정확히 사용 된 데이터를 플로팅하고 싶습니다.
3 가지 방법 각각에 대해 이렇게하는 방법이 있습니까? 그렇다면 어떻게해야합니까?
감사
DESeq2는 (매뉴얼의 섹션 6 참조)을 찾고 정확히 그릴 수있는 기능을 가지고있다 :
par(mfrow = c(1, 2))
plot(log2(1+counts(dds, normalized=TRUE)[, 1:2]), col="#00000020", pch=20, cex=0.3)
또 다른 옵션은 CSV로 각 패키지에서 데이터를 내보내는 것입니다 그 방법을 비교하기 위해 플롯을 만드십시오. 격자 패키지를 사용하여 플롯을 만들 수 있습니다. 아래는 실행하고 데이터 프레임을 구성하여 설정하는 방법을 보여주는 예제입니다.
#To do for one package at time:
attach(mtcars)
plot(wt, mpg, main="Scatterplot Example",
xlab="Car Weight ", ylab="Miles Per Gallon ", pch=19)
# Scatterplot Matrices from the lattice Package - to compare all 3 packages
library(lattice)
splom(mtcars[c(1,3,5,6)], groups=cyl, data=mtcars,
panel=panel.superpose,
key=list(title="Three Cylinder Options",
columns=3,
points=list(pch=super.sym$pch[1:3],
col=super.sym$col[1:3]),
text=list(c("4 Cylinder","6 Cylinder","8 Cylinder"))))
이것은 예제 일뿐입니다. 데이터 나 샘플 데이터 세트를 가지고 있다면 그것을 공유 할 수 있으며, 어떻게 그려야하는지 쉽게 설명 할 수 있습니다.