bioconductor

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2 개의 시리즈 행렬이 포함 된 GSE 세트로 작업 중이며 모든 것을 리마에서 사용할 수 있도록 표현 세트로 변환하고 싶습니다. 나는 다음과 같은 오류 얻을 플랫폼 확인하기 위해 GSM 목록에 액세스하려고하면 > gse <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = T) : 나는 다음과 같은 명령을 사용하여 GSE를로드 한 지금까지 > G

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bioconductor의 GenomicFeatures 패키지를 설치할 수 없음 : "setGeneric의 오류"

GenomicFeatures (R의 Bioconductor 패키지)를 설치하는 데 문제가 있지만 설치하려고했던 다른 모든 Bioconductor 패키지가 제대로 작동합니다. GenomicFeatures에 대한 오류입니다 :이 오류에 대한 인터넷 검색과 (다른 R 패키지 관련) 두 개 또는 세 개의 링크를 발견하고 일반적으로 문제가 설치 된 R 때문하지만 난

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GenomicRange 패키지 출력의 모든 라인 표시

GenomicRange R 패키지로 작업 중입니다. GRanges with 24 ranges and 0 metadata columns: seqnames ranges strand <Rle> <IRanges> <Rle> [1] dvex108056 [ 87, 226] + [2] dvex108056 [ 59, 240] -

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AffyRNAdeg (affy) 개체의 하위 집합을 플롯 AffyRNAdeg로 플롯하는 중?

library(affy) microarrays <- ReadAffy() # 98 CEL files are read into the same object RNAdeg <- AffyRNAdeg(microarrays) 지금 내가 성공하지 않고 루프 '에 대한'다양한 시도했습니다 plotAffyRNAdeg(RNAdeg[.......?]) # What

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rpy2에서 bioconductor를 사용하는 방법?

저는 rpy2에서 bioconductor (구체적으로 seqLogo)를 사용하려고합니다. 나는 R 환경에서 오류 File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.6-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/environments.py", line 17, in __getitem__

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많은 시퀀스 (.fasta)가있는 파일에서 특정 아미노산을 찾기 위해 matchpattern()을 사용하는 방법

많은 엑손 시퀀스가 fasta 형식 인 파일 (mydata.txt)이 있습니다. 각 DNA 서열 (프레임을 고려)에 대한 시작 ('atg') 및 중지 ('taa', 'tga', 'tag') 코돈을 찾으려합니다. 에서는 mydata.txt 될 수있는 예를 들어 : >a atgaatgctaaccccaccgagtaa >b atgctaaccactgtcat

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R 's sva 라이브러리에서 ComBat 스크립트를 실행할 수 없습니다.

2 일괄 처리로 데이터 세트에서 ComBat 스크립트를 실행하려고하는데 오류가 발생하며 R 초보자이므로 코드를 검사하는 방법을 알지 못합니다. 나는 이런 방식으로 전투 방법을 실행하고 있습니다 : 어쨌든 # Load sva library(sva) # Read expression values dat = read.table('dataset.xls', he

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패키지를로드하지 않고 R 함수 호출

패키지를로드하지 않고 Bioconductor 패키지 hypergraph 및 hyperdraw의 함수를 사용하고 싶습니다. hyperdraw 네트에서 예를 실행하는 경우 dh1 <- hypergraph::DirectedHyperedge("A", "B", "R1") dh2 <- hypergraph::DirectedHyperedge(c("A", "B"), c(

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apply 함수를 사용하여 data.table을 반환하거나 목록을 직접 data.table로 변환합니다.

대용량 data.table 객체의 각 행에 행렬을 반환하는 함수를 적용하고 싶습니다 (원본 파일은 약 30GB입니다 , 나는 80 GB RAM을 가지고있다.) 그리고 data.table 객체를 얻는다. 나는 그것을 효율적으로하고 싶다. my.function <- function(x){ alnRanges<-cigarToIRanges(x[6]);

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R : 인덱스

내가 좋아 처음 매트릭스 호출 입술이 행렬에 다음 [,1] [,2] [1,] 0 0 [2,] 0 0 [3,] 0 0 [4,] 0 0 [5,] 0 0 [6,] 0 0 [7,] 0 0 [8,] 0 0 [9,] 0 0 [10,] 0 0 나는 인덱스 (인덱스)의 행렬을 다음과 같이 : 결과 내가 원하는 [,1] [,2]