이것은 다소 간단한 프로그래밍 문제를 전제로 합니다만이 문제로 인해 어려움을 겪었습니다. 대부분 내가 사용하기에 적합한 단어를 모르기 때문에? 일련의 "범위"(아래의 숫자 집합, 2-IRanges 또는 3-GenomicRanges의 형태로)가 주어지면 작은 범위 집합으로 나누고 싶습니다. 예부터 : 휴식의 Chr Start End
1 1 10000
대용량 data.table 객체의 각 행에 행렬을 반환하는 함수를 적용하고 싶습니다 (원본 파일은 약 30GB입니다 , 나는 80 GB RAM을 가지고있다.) 그리고 data.table 객체를 얻는다. 나는 그것을 효율적으로하고 싶다. my.function <- function(x){
alnRanges<-cigarToIRanges(x[6]);
나는 R iRanges에서 겹치는 범위를 일반적으로 찾는 다른 게시물을 발견했지만이 두 가지 작은 트위스트로 나를 도울 수 있습니까? 나는 두 개의 범위가 링크되어 있습니다 (가능한 게놈 재배치 시작 범위와 끝 범위)와 내가 어머니 게놈의 동일한 범위를 걸러 내고 싶습니다 다음과 같이 정지 및 시작 범위를 찾았습니다 (chr 번호, 간격 시작, 간격 끝).
일부 값이 충족되는 경우 목록에 문자열 출력을 생성하고 싶습니다. library(IRanges); library(data.table)
rangeFinder = function(x){
x.ir = reduce(IRanges(x$V2, x$V3))
max.idx = which.max(width(x.ir))
ans = data.tab
IntegerList에 위치 인덱스 목록이 있는데, 나는 주어진 임계 값을 필터링하려고 했으므로 잘 작동합니다. 그러나 추가 사용을 위해 각 IntegerList에 대해 특정 필터링 된 집합 중 하나를 추출하려고합니다. myList는 중첩 목록이며 데이터는 실제 데이터 세트를 기반으로 매우 많이 시뮬레이트된다는 것을 알고 있습니다. 원하는 IntegerLi