bioconductor

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    R에 ShortRead 패키지를 설치할 때의 문제 - RCurl 종속성을 설치할 수 없습니다.

    저는 Bioconductor에서 작업 중이므로 ShortRead 패키지를 설치하고 싶습니다. 여러 번 시도했지만 RCurl 종속 패키지를 설치하는 중 오류가 발생했습니다. RStudio에서이 오류가 발생합니다. Cannot find curl-config 어떻게해야합니까? ShortRead의 대안이 있습니까? 감사)
    r rcurl bioconductor 2012-08-16

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    대리 변수 분석이 "아래 첨자가 범위를 벗어남"으로 실패합니다.

    Bioconductor's sva package을 사용하여 대리 변수 분석을 적용하려고합니다. the vignette의 예는 잘 작동하지만 실제 데이터를하려고 할 때, 나는 irwsva.build에 오류 "아웃 오브 바운드 첨자"는 얻을 : $ R R version 2.15.0 (2012-03-30) … > trainData <- read.table
    r bioconductor 2012-06-28

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    패키지 limma의 read.ilmn으로 R 읽기 주석 열

    패키지 패키지 은 마이크로 어레이 및 최근 RNA-seq 실험 결과를 판독하고 정규화, 피팅 선형 모델과 같은 다른 프로세스를 수행하는 데있어 최상 또는 최고의 패키지 중 하나입니다 차별적으로 발현 된 유전자를 찾고, 플롯을 만드는 등의 작업을 수행합니다. illumina 결과를 읽는 기능에있어 read.ilmn() 함수에 사소한 문제점이 있습니다. ENT
    r bioconductor 2012-10-14

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    Affymetrix Custom CDF 세분화 오류

    Brachypodium dystachion의 Affymetrix 칩에 대해 다음 CDF 파일을 사용하고 있습니다. 나는 R과 Bioconductor 패키지 makecdfenv library(makecdfenv) make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf",species="Brachypodium_dystachion")
    r bioconductor 2012-08-27

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    biomaRt로 전사 시작 사이트를 찾으십시오

    나는 ensembl의 hsapiens 인간 유전자 데이터베이스를 질의하기 위해 R에서 biomaRt을 사용하고 있습니다. getBM 함수를 사용하여 모든 유전자의 이름, 시작 위치 및 정지 위치를 얻지 만 TSS (전사 시작 사이트)를 검색하기위한 올바른 속성을 찾을 수 없습니다. 아마도 seqType= c("3utr", "5utr")과 같은 것으로 간주
    r bioconductor 2012-10-22

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    프로브 별 Gene ontology (GO) 용어를 얻는 방법

    R/BioC를 처음 사용했습니다. 나는 유전자의 GO 기반 클러스터링을 시도하고있다. 입력은 유전자 명과 각 행의 용어로 이루어져야합니다. 예 : AP4B1 GO:0005215 GO:0005488 GO:0005515 GO:0005625 GO:0005802 GO:0005905 BCAS2 GO:0005515 GO:0005634 GO:0005681 GO:000
    r ontology bioconductor 2012-10-23

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    Golub leukemia dataset : HUGO 기호에 Affy ID

    Affymiids를 다른 표준 기호로 변환하여 추가 처리 할 수있는 문제가 있습니다. 내가 작업중인 데이터는 백혈병 데이터 세트입니다 (Golub 외. , 1999). Bioconductor 프로젝트에서 가져온 golubEsets 데이터 세트를 사용합니다. 나는,이 많은 오류를 생성 할 것이다 (http://faculty.washington.edu/kenr
    r generics bioinformatics bioconductor 2012-09-06

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    긴 쌍 현자단 뉴클레오티드 배열을 수행하는 알고리즘을 찾고

    나는 참고 게놈의 하위 서열에 스캐 폴드를 정렬하여 가능한 SNPs 및 indels을 스캔하려고합니다. (원시 읽기는 사용할 수 없습니다). R/bioconductor과 Biostrings 패키지의 pairwiseAlignment 함수를 사용하고 있습니다. 나는 오류 메시지와 함께 같은 56kbp 발판을 정렬하려고 할 때 이 작은 발판을 위해 잘 작동하지만
    r alignment bioinformatics bioconductor sequence-alignment 2012-09-08

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    XCMS 패키지 - 보유 시간

    xcmsRaw 개체에서 보존 시간 목록/배열을 가져 오는 간단한 방법이 있습니까? 예제 코드 : 그것에서 그래서 예를 들면 xraw <- xcmsRaw(cdfFile) 얻는 정보 : [email protected]$intensity 또는 [email protected]$mz
    r bioconductor 2012-11-07

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    는

    내가 한 줄을 제거 할 R 패키지의 소스를 수정?
    r bioconductor 2012-11-13
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