Golub leukemia dataset : HUGO 기호에 Affy ID

Question

Affymiids를 다른 표준 기호로 변환하여 추가 처리 할 수있는 문제가 있습니다. 내가 작업중인 데이터는 백혈병 데이터 세트입니다 (Golub 외. , 1999). Bioconductor 프로젝트에서 가져온 golubEsets 데이터 세트를 사용합니다.

나는,이 많은 오류를 생성 할 것이다 (http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf)

# library for annotation 
library("annotate") 
library("hgu95av2.db") 
library("GO.db") 
#library for golub data set 
library(golubEsets) 
data(Golub_Merge) 
geneids <- featureNames(Golub_Merge) 
# retrieve something usefull (e.g. gene name) 
mget(geneids, hgu95av2GENENAME) 

이 자습서를 시도 대부분 때문에 Golub 데이터 세트의 Affy ID가 데이터베이스에서 발견되지 않았습니다. 이 데이터 세트에 대한 Praticularly, 내가 표준적인 기호 (HUGO?)를 어디에서 찾을 수 있습니까? 추가 분석을 수행해야하기 때문입니다.

감사합니다.

Answer 1

Golub 데이터 세트는 hgu95av2 affymetrix 칩에서 생성되지 않습니다. 그것은 오래된 hu6800을 사용했습니다.

올바른 주석 라이브러리에 대한 http://bioconductor.org/packages/2.6/data/annotation/html/hu6800.db.html를 참조하십시오

그냥 "hu6800 주석"으로 주석 필드를 당신에게 요약 정보를 제공하고 나열합니다 R 명령 줄에서 Golub_Merge를 입력.