GO.db - 최신 Gene Ontology 주석 얻기

Gene Ontology에 관한 정보를 얻기 위해 R (v3.3.2)에서 GO.db 패키지를 사용 중입니다. GO.db 명령을 실행하여 내 특수 효과가 오래되었음을 알 수 있습니다. (나는 2017 년에 발표 된 더 새로운 주석 집합이 있다는 것을 알고있다).GO.db - 최신 Gene Ontology 주석 얻기

> GO.db 
GODb object: 
| GOSOURCENAME: Gene Ontology 
| GOSOURCEURL: ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/godatabase/archive/latest-lite/ 
| GOSOURCEDATE: 2016-Sep21 
| Db type: GODb 
| package: AnnotationDbi 
| DBSCHEMA: GO_DB 
| GOEGSOURCEDATE: 2016-Sep26 
| GOEGSOURCENAME: Entrez Gene 
| GOEGSOURCEURL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA 
| DBSCHEMAVERSION: 2.1

나는 제거하고 패키지를 다시 설치 해봤지만, GOSOURCEDATE 값은 변경되지 않습니다.

R 명령의 순서를 통해 새로운 주석을로드 할 수 있는지 확인하고 싶습니다. 최신 버전의 R을 설치해야합니까? 다음과 같이

Bioconductor 버전 정보는 다음과 같습니다.

이

> BiocInstaller::biocLite() 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).

sessionInfo 명령의 출력은 다음과 같습니다

는 (관련이없는 많은 패키지도 내 응용 프로그램 부하를 포함 내가 나오지 않았어

> sessionInfo() 
R version 3.3.2 (2016-10-31) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200) 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252 LC_CTYPE=English_Canada.1252 LC_MONETARY=English_Canada.1252 
[4] LC_NUMERIC=C     LC_TIME=English_Canada.1252  

attached base packages: 
[1] parallel stats4 stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] cowplot_0.8.0  ggplot2_2.2.1  xlsx_0.5.7   xlsxjars_0.6.1  rJava_0.9-8   
[6] reshape2_1.4.2  metap_0.8   GO.db_3.4.0   annotate_1.52.1  XML_3.98-1.9   
[11] org.Hs.eg.db_3.4.0 AnnotationDbi_1.36.2 IRanges_2.8.2  S4Vectors_0.12.2  Biobase_2.34.0  
[16] BiocGenerics_0.20.0 homologene_1.0  magrittr_1.5   tidyr_0.7.1   dplyr_0.7.3   
[21] readr_1.1.1   tmod_0.31   

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] beeswarm_0.2.3  purrr_0.2.3  lattice_0.20-34 colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6 blob_1.1.0   
[7] rlang_0.1.2  glue_1.1.1   DBI_0.7   bit64_0.9-7  RColorBrewer_1.1-2 bindrcpp_0.2  
[13] bindr_0.1   plyr_1.8.4   pca3d_0.10   stringr_1.2.0  munsell_0.4.3  gtable_0.2.0  
[19] htmlwidgets_0.9 memoise_1.1.0  knitr_1.17   httpuv_1.3.5  Rcpp_0.12.12  xtable_1.8-2  
[25] scales_0.5.0  jsonlite_1.5  mime_0.5   bit_1.1-12   ellipse_0.3-8  hms_0.3   
[31] digest_0.6.12  stringi_1.1.5  tagcloud_0.6  shiny_1.0.5  grid_3.3.2   tools_3.3.2  
[37] bitops_1.0-6  rgl_0.98.1   lazyeval_0.2.0  RCurl_1.95-4.8  tibble_1.3.4  RSQLite_2.0  
[43] pkgconfig_2.0.1 assertthat_0.2.0 R6_2.2.2   plotwidgets_0.4

출처

2017-09-19 Jacob Ritchie

어떤 종류의 Bioconductor를 사용하고 있습니까? 대답에'sessionInfo()'의 출력을 추가 할 수 있습니까? 또한 Bioconductor 패키지에 대한 질문을 Bioconductor 지원 포럼에 게시하면 질문에 더 많은 관심을 가질 수 있습니다. https://support.bioconductor.org/ – dvantwisk

요청 사항을 반영하여 의견을 수정했습니다. 또한 지원 포럼과 교차 게시됩니다. –

지원 사이트에서 질문을 찾을 수 없으므로 여기에서 답변을 드리겠습니다.

Bioconductor 3.4 버전을 사용하고있는 것으로 보입니다. 귀사의 모든 주석 패키지가 오래된 것입니다. 현재 릴리스 주석을 사용하려면 R 버전을 현재 릴리스 버전 (3.4.1)으로 업데이트 한 다음 BiocInstaller::biocLite("biocUpgrade") 명령을 실행해야합니다.

출처

2017-09-21 16:01:20 dvantwisk

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