mas5 정규화 오류 : 함수에 대해 상속 된 메서드를 찾을 수 없습니다.

Question

목표 : mas5 데이터 정규화.

문제 : 나는 다음과 같은 R 코드를하려고 할 때, 나는이

error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 

내가 SO에 보았다 얻고, 다음 발견 What does this mean: unable to find an inherited method for function ‘A’ for signature ‘"B"’를,하지만 난 내 특정 문제를 해결하는 방법을 정확하게 확실하지 않다 문제가 발생하여 올바르게 mas5 기능을 사용하십시오. 나는 또한이 살펴 보았다 affy manual하지만 여전히 붙어 ... 당신이 .cel 파일이 워크 플로우를 시도해야보다 affy 패키지와 함께 작동 배열의 유형에 대해 수행 실험을 기반으로 만들어진 것이 확실한 경우

installpkg("affy") 
library('affy') 
setwd("/Users/er/Desktop/DesktopFolders/DataSets/CD8Helios/Microarray/CELfiles/CEL") 
cel_Files <- list.celfiles() 
affyRaw <- read.celfiles(cel_Files) 
eset <- mas5(affyRaw) 

Answer 1

ReadAffyaffy 패키지를 사용하십시오.

cel_Files <- list.celfiles() 
affyRaw <- affy::ReadAffy(filenames=cel_Files) 
eset <- mas5(affyRaw) 

그러나, affy 패키지가 배열 유형을 위해 설계되지 않은 경우 일 수 있습니다. 그런 다음 oligo 및 oligoClasses 패키지로 전환하고 유사 기능 오류에서 알 수 있듯이 rma

cel_Files <- oligoClasses::list.celfiles() 
affyRaw <- oligo::read.celfiles(cel_Files) 
eset <- oligo::rma(affyRaw)