최근에 Biopython을 사용하여 Pubmed에서 일부 요약을 추출합니다. 내 코드는 다음과 같이 Python3 기록한다 : from Bio import Entrez
Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are
def get_number(): #Get the total nu
이것은 다소 오래되었습니다. R을 사용하여 PMID의 긴 목록으로 PubMED를 쿼리합니다. entrez_fetch는 한 번에 특정 수만 수행 할 수 있기 때문에 ~ 2000 PMID를 하나의 목록으로 여러 벡터 (길이가 각각 약 500) . PubMED를 쿼리 할 때 XML 파일에서 각 발행물에 대한 정보를 추출하고 있습니다. Original.PMID
PubMed에서 정보를 얻으려면 R에 RISED 패키지를 사용하고 있습니다. 'Mesh'패키지 기능을 사용하면 각 인용문의 MeSH 용어를 얻을 수 있습니다. 그럼에도 그것은 데이터 프레임을 포함하는 목록입니다. 해당 인용 식별자 (PMID) 외에 각 MeSH 용어를 나열하고 싶습니다. 예를 들어, I는 두 값을 포함하는 테이블을 구성 할 수 table =
Entrez 모듈이 로컬 디스크로 반환하는 XML 파일을 다운로드하고 저장하는 방법이 있습니까? 내가 현재하고있는 중이 야 것은 : 다음 파이썬의 쓰기 기능을 통해 XML 파일로 str 개체입니다 article을 저장 fetch = Entrez.efetch(db='pmc',
resetmode='xml',
id=ids,
내 전체적인 목표는 공동 작성자 네트워크 그래프를 작성하는 것입니다. 필자는 PubMed ID 목록을 가지고 있으며, 이들은 공동 작성자 네트워크의 그래프 작성에 관심있는 유일한 출판물입니다. 내가 rentrez를 사용하여 내 쿼리에서 작성자 이름과 각 제휴를 함께 얻는 방법을 알아낼 수 없습니다. 두 가지 정보를 모두 얻을 수는 있지만 계열리스트는 내 저
PubMed에서 검색어에 대한 저자 정보와 기사 정보를 수집합니다. entrez_fetch을 rentrez 패키지에 사용하여 저자명, 출판 연도 및 기타 정보를 성공적으로 받고 있습니다. 다음은 예제 코드입니다. library(rentrez)
library(XML)
pubmedSearch <- entrez_search("pubmed", term = "
이것은 약간의 특정 질문이지만, 누군가는 전에 이것을 했어야합니다. pubmed에서 최신 논문을 얻고 싶습니다. 특정 주제에 관한 논문이 아니라 모든 주제. 내가 수정 날짜 (mdat)에 따라 쿼리를 생각. biopython.py를 사용하고 내 코드는 다음과 같습니다. handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxd
나는 R의 RISmed 패키지에 여러 다른 용어 검색을 수행하려고에서 "EUtilisSUmmary"클래스는 다음과 같이하도록 방법 : library(RISmed)
library(rentrez)
library(dplyr)
search_topic<-c("KRAS AND MEK inhibitor","BRAF AND BRAF inhibitor")
searc
저는 XML 전문가가 아닙니다. rentrez을 사용하여 XML 파일을 구문 분석 할 때 문제가 있습니다. 나는 출력으로 각 pmid (PubMed 데이터베이스의 기사 ID)별로 작성자와 제휴 관계를 유지하려고합니다. 저자가 여러 제휴 관계를 맺고있을 때를 제외하고는 잘 작동하는 코드가 있습니다. 작성자가 여러 개의 소속을 가질 때 열 길이 first_na
나는 대략 2000 Pubmed ID를 말하는 큰 과학적 추상 데이터를 다운로드하고 싶다. 내 파이썬 코드가 엉성하고 다소 느리게 작동하는 것 같습니다. 이 초록을 수확하는 빠르고 효율적인 방법이 있습니까? 이것이 가장 빠른 방법이라면 어떻게 측정하여 작업 상황에 대해 다른 사람이나 집과 비교할 수 있습니까? (다른 ISP가 속도를 낼 수 있습니다)? 아래