pubmed

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필자가 게시 한 기사의 수를 기록하고 멘토와 기관을 포함시켜 검색 범위를 좁히려면 200 개가 넘는 항목을 pubmed로 입력하려고합니다. biopython과 xlrd (코드는 아래)를 사용하여이 작업을 시도했지만, 세 가지 형식의 질의 (이름 1., 이름 2. 기관 이름 3. 이름 및 멘토 이름). 내가 할 수있는 문제 해결 단계가 있습니까, 아니면 아래

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PubMed 쿼리에서 컬 (curl) 결과를 구문 분석하여 인용 부호로 형식화

이것은 this 질문에 대한 후속 질문입니다. 같은 생각 : XML로 PubMed에서 데이터를 가져 와서 curl을 사용하여 그 결과를 처리합니다. 이를 통해 필자는 필요한 정보 (게시자 ID 목록)를 가져 와서 다른 PubMed 스크래핑의 변수로 사용할 수 있습니다. $ 이름은 결국 동적입니다. 이는 다음 XML 데이터를 반환합니다 (이는 하나의 결과 임

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Gtk.TextView에서 Biopython Pubmed 검색의 결과를 표시하는 방법?

Biopython을 사용하여 Pubmed를 검색하고 (코드는 Biopython 문서에 있음) Gtk.TextView에 각 레코드의 결과 (제목, 작성자, 소스)를 표시하고 싶습니다. 이 코드는 방금 인쇄 할 때 작동하지만 TextView를 사용하려고하면 첫 번째 레코드 만 표시됩니다. 왜 이런 경우인지 알면 도움을 주시면 고맙겠습니다. 여기 내 의견에 작성

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Entrez에서 PubMed의 게시 데이터를 구문 분석 할 때 발생하는 문제

Entrez를 사용하여 게시 데이터를 데이터베이스로 가져 오려고합니다. 검색 부분은 잘 작동하지만 내가 구문 분석하려고하면 from Bio import Entrez def create_publication(pmid): handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml") records

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BioPython을 사용하여 PubMed 검색 및 CSV로 작성

BioPython을 사용하여 PubMed 제목에서 인용에 대한 데이터의 CSV 파일을 채 웁니다. 지금까지이 쓴 : import csv from Bio import Entrez import bs4 Entrez.email = "my_email" CSVfile = open('srData.csv') fileReader = csv.reader(CSVfi

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bs4를 사용하여 ID에서 PubMed 데이터 가져 오기

저는 ~ 12,000 PubMed ID의 CSV 파일에서 제목, 초록, 연도 및 MeSH 조건을 다운로드하는 프로젝트를 진행 중입니다. 내가 그것을 실행하면 import urllib2 from bs4 import BeautifulSoup import csv CSVfile = open('srData.csv') fileReader = csv.reade

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bp4를 사용하여 PubMed

필자는 PubMed ID의 데이터 세트 (CSV 파일)를 가지고 있는데,이 ID 세트는 반복 할 필요가 있고 제목, 발행 연도, 초록 및 MeSH 용어를 얻고 CSV로 저장해야합니다 파일 형식은 다음과 같습니다. id year_published title abstract mesh_terms 각 항목은 별개의 별도 열에 있습니다. 내가이 일을 BS4을

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pubmed.mineR 패키지를 사용하여 객체를 찾을 수 없습니다

pubmed.com에서 관심있는 초록을 다운로드 한 후 readabs() 기능이있는 pubmed.mineR 패키지를 사용하여 읽었습니다. 클래스 "Abstracs"의 객체를 생성하려고하는데, ls()를 입력하면 문자 (0)가됩니다. searchabsL (Object, include = "protein")을 사용하여 초록을 검색하고 싶습니다.

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pubmed에서 정보를 검색하는 방법

나는 pmid를 가지고 있습니다. 제목, 저널, 이슈, 페이지 번호 및 요약과 같은 정보를 얻을 수 있는지 여부를 알고 싶습니다. # Sample data pmid<-c(8339401,8485120,8427851,3418853,3195585,2643302,7947591,8274474,8243847)

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XLRD/Entrez : Pubmed를 통해 검색하고 카운트를 추출하십시오.

스프레드 시트의 입력을 사용하여 결과를 인쇄하고 pubmed을 검색해야하는 프로젝트를 진행하고 있습니다. 나는이 작업을 수행하기 위해 xlrd과 entrez을 사용 해왔다. 여기 내가 시도한 것이있다. 가 나는 Excel 스프레드 시트에있는 저자, 그/그녀의 의과 대학, 년의 범위 및 그/그녀의 스승의 이름의 이름을 사용 pubmed를 검색 할 필요가있다.