ncbi

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터미널에서 PHP 스크립트는 작동하지만 브라우저에서는 작동하지 않습니다.

제 스크립트에서는 XML 파일을 웹에서 다운로드하고 내용을 인쇄합니다. <?php $x = file_get_contents("127.0.0.1/x.xml"); var_dump($x); ?> 그것은 성공적으로의 내용을 인쇄 : 내가 사용하는 경우 문제는 브라우저의 내용을 인쇄하지 않는다는 것입니다,하지만 php index.php 한 가지 더를 사용하는

php xml ncbi 2014-05-09

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파이썬에서 fasta 헤더의 해당 GI 번호에서 NCBI의 Accession 번호 받기

GenBank에서 GI 번호를 단계적으로 제거하고 다음 형식으로 헤더를 편집 한 위치에 여러 개의 fasta 파일이 저장된다는 경고가 계속 표시됩니다. >SomeText_ginumber 나는 다음과 같이 심지어 헤더 파일을이로 시작하지만 방법이 이상적으로 파이썬 함께, 내가 NCBI에서 각 GI에 해당하는 가입 번호를 얻을 수 있음을 출력 할 생각도 없

python fasta ncbi genbank 2016-09-13

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Biopython Entrez efetch의 결과를 탐색하려면 어떻게해야합니까?

다음을 실행할 때; from Bio.Blast import NCBIWWW from Bio import Entrez, SeqIO Entrez.email = "[email protected]" handle = Entrez.efetch(db="Protein", id= "75192198", rettype = "xml") record = Entrez.read

python python-2.7 biopython ncbi 2014-09-02

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NCBI의 FTP 서버 홈페이지에 연결할 때 rsync가 작동하지 않는 이유는 무엇입니까?

현재 직장에서 일부 코드를 업데이트하려고합니다. 이전에 NCBI의 FTP 웹 사이트 (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/)에서 사용자 경로 선택 항목을 기록하는 Python의 최신 버전이 포함 된 스크립트를 만들었습니다. 로그는 내 파일 시스템을 업데이트 된 파일로 업데이트하는 데 사용되었습니다 (NCBI는 매주 파일을 업데이트합니다). 나는

ftp rsync bioinformatics ncbi 2016-12-28

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출력을 행렬에 저장

NCBI SRA 데이터베이스에 액세스하려고 시도하고 ID 목록을 쿼리하여 출력을 행렬에 저장하려고합니다. Bioconductor의 sradb 패키지를 사용하여 데이터베이스에 액세스하고 쿼리 할 수 ​​있지만 실제로는 느리고 나는 루프 출력을 저장하는 방법을 알 수 없습니다. 파일 GPL11154_GSMs.txt 내가 관심이있는 ID를 포함 그리고는 다음과

r bioinformatics bioconductor ncbi 2016-11-10

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BLAST via Biopython NCBIWWW. 어디에서 전체 데이터베이스 목록을 찾을 수 있습니까?

Biopython 모듈 NCBIWWW 모듈을 사용하여 일부 시퀀스를 온라인으로 폭발시키고 있습니다. 내가 사용할 수있는 다른 데이터베이스에 대해 내 시퀀스를 폭파하고 싶습니다, 그러나 나는 그들의 포괄적 인 목록을 찾을 수 없습니다. "blastn"알고리즘을 사용하여 Nucleotide 컬렉션 데이터베이스에 대한 간단한 쿼리의 예입니다. from Bio.B

biopython blast ncbi 2015-02-06

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폭발 + 로컬 구성 : nt 및 nr 데이터베이스를 구성하는 방법?

Blast +를 (os sierra)에 구성하고 로컬로 다운로드 한 내 nr 및 nt 데이터베이스를 구성하는 데 문제가 있습니다. 나는 NCBI의 지시 here을 따르려고 노력하고 있으며, 구성 및 예제 실행 단계에 익숙해 져 있습니다. 그것이 말하는 있도록 그들은 내 .bash_profile을 변경하는 말 : 잘 작동 export PATH=$PATH:$H

command-line path bioinformatics blast ncbi 2017-09-10

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단백질의 유전자 식별자를 사용하여 DNA 서열 검색

Im Bioscthon을 사용하여 NCI 페이지에서 GI (71743840)가있는 단백질에 해당하는 DNA 서열을 검색하려고 시도합니다.이 작업은 매우 쉽습니다. refseq. 파이썬에서 코딩 할 때 ncbi 가져 오기 유틸리티를 사용하여 문제가 발생합니다. DNA로 이동하는 데 도움이되는 필드를 검색하는 방법을 찾을 수 없습니다. handle = Entr

python bioinformatics biopython ncbi 2014-11-04

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Bio.Entrez의 efetch()는 PubMed 아티클의 모든 메타 데이터를 검색합니까?

Bio.Entrez의 efetch()이 입력으로 PMID가 주어지면 PubMed 아티클의 모든 메타 데이터를 검색하는지 궁금합니다. 모든 메타 데이터는 PubMed가 efetch()이 검색하는 것 이상의 메타 데이터를 가지고 있는지 여부를 의미합니다. efetch() : "AbstractText": [ "Rotator cuff tendinopath

python biopython ncbi pubmed 2016-06-27

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여러 시퀀스에서 Bio.Blast (NCBIWWW)가 실패하고 정지합니다

Python 2.7에서 NCBIWWW와 함께 Bio.Blast를 사용하여 BLAST를 통해 몇 개의 시퀀스를 구문 분석하려고합니다. 거기에 문제가 하나 또는 몇 시퀀스,하지만 NCBIWW.qblast() 항상 5-7 회 BLAST 검색 후 중지합니다. 중요한 것은 프로그램 은에서 충돌을 일으키지 않고 오류와 함께 종료됩니다. 단지 멈추고 영원히 멈추는 것입

python bioinformatics biopython blast ncbi 2017-11-13

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