blast

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특정 디렉토리 (시퀀스라고 함)의 모든 파일을 반복하고 각 파일에 대해 두 가지 기능을 수행하려고합니다. 필자는 개별 파일에서 실행할 수 있기 때문에 기능 ('blastp'및 'cat'줄)이 작동한다는 것을 알고 있습니다. 일반적으로 쿼리, 출력 등의 특정 파일 이름을 가질 것이지만 루프가 많은 파일을 처리 할 수 있도록 변수를 사용하려고합니다. (면책

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축소 BLAST의 dataframe는

나는 BLAST의 HSP의 dataframe (안 표시된 모든 열)이 있습니다 query.id subject.id alignment.length 196 1032519524 1032519523 212 197 1032519524 1032519523 182 198 1032519524 1032519522 212 199 1032519524

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여러 시퀀스에서 Bio.Blast (NCBIWWW)가 실패하고 정지합니다

Python 2.7에서 NCBIWWW와 함께 Bio.Blast를 사용하여 BLAST를 통해 몇 개의 시퀀스를 구문 분석하려고합니다. 거기에 문제가 하나 또는 몇 시퀀스,하지만 NCBIWW.qblast() 항상 5-7 회 BLAST 검색 후 중지합니다. 중요한 것은 프로그램 은에서 충돌을 일으키지 않고 오류와 함께 종료됩니다. 단지 멈추고 영원히 멈추는 것입

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어떻게하면 창을 사용하여 PHP에서 폭발을 실행할 수 있습니다

나는 내 PHP 프로그램에서 폭발을 실행하려고하는데, 그 결과가 없습니다. 나는 결코 전에 폭발을 사용하지 않았다. 그래서 나는 내가해야하는 것에 관해 확실하지 않다. 나는 창문을 사용하고 있으며 잘 작동하고 있지만 PHP를 통해 실행하려고하면 결과가 없습니다. $texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";

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결과 또는 시간 초과를 기다리는 루프

NCBI 블래스트 API와 인터페이스 할 수 있도록 매우 빠른 블래스트 스크립트를 작성했습니다. 때로는 결과 URL을로드하는 데 시간이 걸리고 URL 준비가 완료 될 때까지 스크립트에서 오류가 발생합니다. 결과가 반환되거나 지정된 시간 후에 타임 아웃 될 때까지 오류를 처리하는 우아한 방법 (예 : tryCatch 옵션)이 있습니까? library(rves

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Python을 사용하여 표본 Blast 출력 파일의 히트 수를 줄입니다.

표적 형식의 수가 제한되지 않은 표 형식의 대용량 파일이 있으므로 구문 분석하는 데 오랜 시간이 걸립니다. 나는 내가 지금까지 import sys blastfile = open(sys.argv[1],"r") column1list=[] for line in blastfile: b = line.split()[0] column1lis

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폭발 + 로컬 구성 : nt 및 nr 데이터베이스를 구성하는 방법?

Blast +를 (os sierra)에 구성하고 로컬로 다운로드 한 내 nr 및 nt 데이터베이스를 구성하는 데 문제가 있습니다. 나는 NCBI의 지시 here을 따르려고 노력하고 있으며, 구성 및 예제 실행 단계에 익숙해 져 있습니다. 그것이 말하는 있도록 그들은 내 .bash_profile을 변경하는 말 : 잘 작동 export PATH=$PATH:$H

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나는이 생물 정보학 프로그램을 끝내는 데 도움이 필요합니다

나는 fasta 파일이라고 불리는 텍스트 파일을 받아서 sequence_name, Domain_names, Start of Domain, End of Domain을주기 위해 프로그램을 만들어야합니다. : 은 그래서 FASTA 파일이 >MICE_8 ATTCGATCGATCGATTTCGATCGATCGATCGATCGGGATCGATCGATCGATCGATC >MI

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내가 명령 시스템()와 R에서 쉘 스크립트 (NCBI의 BLAST +)를 실행하려는

멀티 스레딩과 R에서 쉘 스크립트를 실행하지만, 내가 쉘 스크립트에서 여러 스레드를 설정 한 경우에도 하나의 스레드를 사용하는 것 같다. 이 경우 여러 스레드를 사용하려면 어떻게해야합니까? 코드는 내가 R 16 개 코어이 실행을 얻는 방법 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -ou

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blopy biopython을 사용하여 파일을 만들지 않고

ncbi 서버에서 BLAST를 수행중인 작업 코드가 있고 xml 형식의 시퀀스가 반환됩니다. 그것은 작동하지만 새로운 파일을 만들고 BLAST 결과를 터미널에서 직접 인쇄하는 것을 피하고 싶습니다. 이것을하기위한 좋은 해결책이 있습니까? 내가 작동하는 코드 아래에 붙여 넣지 만 새 파일을 만듭니다. result_handle = NCBIWWW.qblast