내가 명령 시스템()와 R에서 쉘 스크립트 (NCBI의 BLAST +)를 실행하려는

Question

멀티 스레딩과 R에서 쉘 스크립트를 실행하지만, 내가 쉘 스크립트에서 여러 스레드를 설정 한 경우에도 하나의 스레드를 사용하는 것 같다. 이 경우 여러 스레드를 사용하려면 어떻게해야합니까?

코드는 내가 R 16 개 코어이 실행을 얻는 방법 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")

입니까? 감사! 평행

Answer 1

:

library(parallel) 
ncore = 4 

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv") 
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)