결과 또는 시간 초과를 기다리는 루프

Question

NCBI 블래스트 API와 인터페이스 할 수 있도록 매우 빠른 블래스트 스크립트를 작성했습니다. 때로는 결과 URL을로드하는 데 시간이 걸리고 URL 준비가 완료 될 때까지 스크립트에서 오류가 발생합니다. 결과가 반환되거나 지정된 시간 후에 타임 아웃 될 때까지 오류를 처리하는 우아한 방법 (예 : tryCatch 옵션)이 있습니까?

library(rvest) 
    ## Definitive set of blast API instructions can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/BLAST_URLAPI.html 
    ## Generate query URL 
    query_url <- 
    function(QUERY, 
      PROGRAM = "blastp", 
      DATABASE = "nr", 
      ...) { 
     put_url_stem <- 
     'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put' 
     arguments = list(...) 
     paste0(
     put_url_stem, 
     "&QUERY=", 
     QUERY, 
     "&PROGRAM=", 
     PROGRAM, 
     "&DATABASE=", 
     DATABASE, 
     arguments 
    ) 
    } 

    blast_url <- query_url(QUERY = "NP_001117.2")  ## test query 
    blast_session <- html_session(blast_url)    ## create session 
    blast_form <- html_form(blast_session)[[1]]   ## pull form from session 
    RID <- blast_form$fields$RID$value  ## extract RID identifier 

    get_url <- function(RID, ...) { 
    get_url_stem <- 
     "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Get" 
    arguments = list(...) 
    paste0(get_url_stem, "&RID=", RID, "&FORMAT_TYPE=XML", arguments) 
    } 
    hits_xml <- read_xml(get_url(RID)) ## this is the sticky part 

가 가끔 라이브 그래서 내가 좋아하는 것이 무엇 이동합니다 get_url 몇 분을 소요하는 것은 할 것은이 중 하나 미리 후에 URL 또는 시간을 생성 할 때까지의 모든 20-30초을 가정 해 봅시다 계속 시도하는 것입니다 지정된 시간.

Answer 1

나는 당신이 '타임 아웃 할 때까지 계속 시도'부분에 대해서는 this answer about the use of tryCatch useful

을 찾을 수 있습니다 생각합니다. 당신이 위에 일할 수 있다고 상상해보십시오 this other answer about a tryCatch loop on error

희망이 있습니다.