BLAST 명령을 perl 스크립트에 결합 할 때 막혔습니다. 문제는 PART II가 시작될 때 명령 줄이 일시 중지되었다는 것입니다. 파트 I은 fasta 시퀀스를 자르기 위해 사용됩니다. 파트 II는 파트 I에 의해 생성 된 파일로 BLAST를 수행하는 데 사용됩니다. 두 파트는 모두 개별적으로 잘 실행될 수 있지만 함께 결합하면 "일시 중지"문제가 발
blastx를 실행하는 bash에서 스크립트를 만들었습니다. #!/bin/sh -l
# $Id: Barrine.sh federicogaiti $
echo "Right now it is:"
date
echo ""
function usage() {
echo "Barrine.sh script by Federico Gaiti, March 2013."
내가 SWISSPROT 데이터베이스와 BLASTP 실행할 때 독립 NCBI - 폭발 - 2.2.28 + 내 컴퓨터 (맥)에서 실행하지만이 오류 메시지를 얻기 위해 노력하고 있어요 : 여기에 무엇을 BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file
웹 블래스트 2.2.28 이상을 로컬에서 통과하는 PHP Dev Server 13.1 (Apache 2.2, Windows 7)을 실행하려고하는데 검색을 클릭하면 오류 403이 표시됩니다. 내 사이트 내에서 그것을 열거 나 내가 직접 blast.html 페이지를 사용할 때 다음과 같은 메시지가, (blast.cgi 내용)가 나타납니다 : 아파치 "C에 설치
HPC 클러스터에서 사용자 중 하나는 30 코어 이상의 mpiblast 작업을 실행합니다. 일반적으로 이들은 약 10 개의 다른 노드로 끝나며 노드는 일반적으로 사용자간에 공유됩니다. 이러한 작업이 가끔씩 꽤 잘 확장되고 사용 가능한 코어의 약 90 %를 효과적으로 사용할 수 있지만 사용 가능한 코어의 약 10 %에 해당하는 CPU 시간 만 누적하는 작업의
거의 모든 이메일 (gmail, yahoo, aol, outlook 등)에서 지원되어야하는 html 이메일 블래스트를 만들었습니다. 나는 html 이메일 폭발을 위해 항상 너비를 650px으로 설정했지만 이제는 990px으로 설정했다. 나는 이것이 문제가 될 것인지 아니면 html 전자 메일에 사용하는 것이 좋은지를 알아야합니다.
NCBIWWW.qblast 온라인 검색을 위해 Biopython에서 제공 한 테스트 파일을 실행하려고하면 계속 응답하고 응답하지 않습니다. NCBIWW.qblast가 포함 된 스크립트를 자체적으로 실행하려고 할 때도 마찬가지입니다.이 스크립트는이 행에 도착하여 실속합니다. 오류 메시지가 발행되지 않고 결과가 수신되지 않으며 프로세스가 절대로 종료되지 않습니
저는 biopython으로 시작하고 있으며 파싱 결과에 대한 질문이 있습니다. 나는이에 참여하는 tutorial를 사용하고 여기에 내가 사용하는 코드입니다 얻은 결과의 from Bio.Blast import NCBIXML
for record in NCBIXML.parse(open("/Users/jcastrof/blast/pruebarpsb.xml")):
나는 biopython을 통해 NCBIWWW를 통해 blastn을 실행하려고합니다. 주어진 샘플 파일에서 qblast 함수를 사용하고 있습니다. 몇 가지 방법이 정의되어 있습니다. 내 fasta에 충분히 긴 시퀀스가 포함되어 있으면 모든 것이 매력처럼 작동합니다. 그것이 실패하는 유일한 경우는 Illumina 시퀀싱에서 오는 판독을 너무 짧게해야 할 때