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짧은 nucleotidic 시퀀스에 대한 Biopython 폭발 매개 변수

나는 biopython을 통해 NCBIWWW를 통해 blastn을 실행하려고합니다. 주어진 샘플 파일에서 qblast 함수를 사용하고 있습니다. 몇 가지 방법이 정의되어 있습니다. 내 fasta에 충분히 긴 시퀀스가 포함되어 있으면 모든 것이 매력처럼 작동합니다. 그것이 실패하는 유일한 경우는 Illumina 시퀀싱에서 오는 판독을 너무 짧게해야 할 때

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대상 시퀀스에 일치하지 않는 시퀀스를 찾기

Biostar에서 Rnaer에 의해 흥미로운 질문 : (예를 들어 30NT) 나는 주어진 길이의 독특한 DNA/단백질 서열을 찾으려면 하지 않습니다 C.elegans 게놈의 모든 지역과 일치합니다. 거기에 그런 도구가 있습니까?

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지역 BLAST SWISSPROT 데이터베이스 오류

내가 SWISSPROT 데이터베이스와 BLASTP 실행할 때 독립 NCBI - 폭발 - 2.2.28 + 내 컴퓨터 (맥)에서 실행하지만이 오류 메시지를 얻기 위해 노력하고 있어요 : 여기에 무엇을 BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file

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Biopython NCBIWWW.qblast 테스트 파일 -hangs on

NCBIWWW.qblast 온라인 검색을 위해 Biopython에서 제공 한 테스트 파일을 실행하려고하면 계속 응답하고 응답하지 않습니다. NCBIWW.qblast가 포함 된 스크립트를 자체적으로 실행하려고 할 때도 마찬가지입니다.이 스크립트는이 행에 도착하여 실속합니다. 오류 메시지가 발행되지 않고 결과가 수신되지 않으며 프로세스가 절대로 종료되지 않습니

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끌어 오기 xml rss 피드에서 ncbi

그래서이 검색을 가지고 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Streptococcus+dysgalactiae+subspecies+equisimilis 및 rss 피드 (수동으로), xml 문자열을 원하는 있지만 PHP를 사용하여 할 싶어요. ive는 ncbi에 대한 방법을 검색하려고 tryed하지만 그다지 좋지 않은 것

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BioPython의 translate() 메서드를 사용한 ORF 및 아미노 식별 - 잘못된 번역?

저는 생물 정보학을 가르치려고합니다. 컴퓨터 과학 및 고성능 컴퓨팅을 통해 파티에 도착합니다. (필자는 생물학을 배우려고 노력하고 있습니다.) 저는 최근에 BioPython을 발견했으며 지금까지는 훌륭하다고 생각합니다. 그러나 누군가가 BioPython에서 sequence 데이터를 변환하기 위해 translate() 메소드를 사용하는 이유를 알아 내면 도움

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해시 값을 새 값으로 덮어 쓰지 않고 어떻게 추가 할 수 있습니까?

기본적으로 나는이 파일들을 가지고 있습니다 (NCBI의 medline). 각각은 저널 제목과 연관됩니다. 각각에는 0, 1 또는 그 이상의 genbank ID 번호 (GBID)가 있습니다. 파일 당 GBID 수를 각 저널 이름과 연관시킬 수 있습니다. 내 문제는 동일한 저널과 관련된 파일이 여러 개있을 수 있으며 파일 당 GBID 수를 저널 당 총 GBID

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Bio :: DB :: EUtilities를 사용하여 pubmed에서 액세스 개요

Bio :: DB :: EUtilities를 사용하여 주어진 PMID (Pubmed Id)로 Pubmed DB를 쿼리합니다. use Bio::DB::EUtilities; use strict; use warnings; my @ids = (23298400); my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'e

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Ncbi 단백질 데이터베이스, 특정 bioproject (python 스크립트)에서 단백질 시퀀스를 얻는 방법

특정 bioproject에서 NCBI 데이터베이스에서 단백질 코드 시퀀스를 검색하려고합니다. 이것은 웹 브라우저를 사용하여 어떻게 든 이루어질 수 있습니다. 예를 들어 관심있는 특정 생물 프로젝트를 찾고 관련 단백질을 클릭하면 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/proteins/994?project_id=207383) BioP

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NCBI 데이터베이스에서 검색하고 내 사이트에서 검색 결과를 내 언어로 표시하는 방법?

NCBI는 유전학 및 생물학 분야의 포괄적 인 데이터뱅크입니다. 그러나 우리 중 많은 사람들은 다른 사람이 아닌 다른 사람의 데이터베이스에서 데이터베이스 작업을하기를 좋아합니다. NCBI 데이터를 검색하고이 데이터에서 검색을 수행해야하지만 NCBI에서 데이터 결과를 표시하지 않고 데이터 결과를 Farsi 인터페이스가있는 내 사이트로 반환해야하는 사이트를 설