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가능한 가장 긴 문자열의 길이는 반복되는 3-mer를 포함하지 않습니다.

반복되는 3-mer가없는 가장 긴 연속 문자열의 길이를 찾으려고합니다. 이것은 생물 정보학 질문이며 단백질 서열에 대해 이것을 분류하고 있습니다. 기본적으로 가 반복되므로 0102340109과 같은 문자가 작동하지 않습니다. 반복되는 3 자리를 찾을 수 없기 때문에 0002223589765과 같은 문자가 작동합니다. 나는 가장 긴 순서를 찾아야하고 나는 좀

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Biopython 배열 추가 오류 (모두 열림)

오케이. 먼저 내가 먼저 설명해 줄게. 이 코드에서 Biopython이라는 특정 모듈을 사용했습니다. 모듈에 익숙하지 않은 경우 문제를 해결하는 데 필요한 세부 정보를 설명하고 있습니다. 코드는 다음과 같습니다 #!/usr/bin/python from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser import numpy as np

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상호 작용하는 단백질의 데이타베이스

나는 단백질 단백질 상호 작용 네트워크 클러스터링 프로젝트를하고있다. 결과를 테스트하기 위해 DIP 데이터베이스에서 데이터 세트를 다운로드했습니다. 그것은 각 단백질에 대해 DIP-ID를 가지고 있고 복잡한 정의에서 단백질 이름으로 일반 이름/ORF 이름을 가진 골든 데이터 세트 CYC2008과 클러스터 (DIP-id와 단백질 이름)를 비교하고자합니다. D

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파이썬으로 Fasta Moonlight 단백질 서열 추출하기

달빛 단백질 데이터베이스 (www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=)에서 Python을 통해 아미노산 서열을 가진 FASTA 파일을 추출하고 싶습니다. 직접 프로그래밍하는 것보다 프로그래밍하는 법을 배울 것입니다. b/c가 계속됩니다. 우리는 2016 년입니다. 문제는 코드를 작성하는 방법을 모르겠다는

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Bio.PDB mmcif2dict 모듈이 호출 할 수 없음

I은 Bio.PDB에서 retrieve_pdb_file 함수를 사용하여 단백질의 크리스털 구조를 가져 왔습니다. 기본 형식이 PDB에서 PDBx/mmCif로 변경되었습니다. CIF 파일의 헤더에서 단백질 시퀀스를 추출하고 싶습니다. Bio.PDB에서 MMCIF2Dict라고하는 단순한 함수가 있어야하지만 모듈은 호출 할 수 없습니다. 또한 cif 파일을

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cytoscape에서 단백질 모양으로 네트워크를 얻는 방법?

단백질 네트워크가 cytoscape에로드되어 있습니다. 네트워크 노드를 단백질 모양/구조에 해당하는 모양으로 만들고 싶습니다. 이것은 네트워크 이미지를 단백질 구조 이미지에 겹쳐서 표시 할 수 있도록하기위한 것입니다. RINanalyzer와 structureviz2를 시도했지만 도움이되지 않았습니다. 어떤 해결책?

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패턴 내에서 파이썬 정규식을 사용하여 자름

목표 : split이 내가 원하는 것을하지 않는 Python RegEx에서 잘라내기를 시도하고 있습니다. 나는 패턴 안에서, 그러나 문자들 사이에서 잘라야한다. 은 내가 무엇을 찾고 있어요 : 나는 문자열에서 아래의 패턴을 인식해야하고, 파이프의 위치에서 문자열을 분할 . 파이프는 실제로 문자열에있는 것이 아니라 분할하려는 위치를 보여줍니다. 패턴 : CD

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BioJava에서 PDB 대신 mmCIF 형식을 어떻게 사용할 수 있습니까? 나는 작은 문제가

... 나는 바이오 자바를 사용하여 다운로드합니다 PDB 구조를 위해 내가 대신 mmCIF 파일을 사용하려면 어떻게해야 Structure s = StructureIO.getStructure("code"); 사용해야 알아?

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pdb 파일의 사전 키

.pdb 파일을 통해 단백질 복합체의 A 및 B 사슬의 다른 잔기에있는 알파 탄소 원자 사이의 거리를 계산 한 다음 사전에 거리를 저장합니다. 체인 식별자 및 잔여 물 번호. 예를 들어 첫 번째 알파 탄소 ("CA")가 사슬 A의 잔기 100에서 발견되고 사슬 A의 잔기 123이 사슬 BI의 잔여 물 123에있는 경우 내 사전에 d = {(A, 100) :

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아미노산 결합 부위 발견, 단백질 데이터베이스

두 개의 서로 다른 사슬에 속한 두 개의 원자가 '결합 된'것으로 간주되는지 아닌지를 찾으려고합니다. 이것은 주어진 x, y, z 좌표를 통해 찾을 수있는 거리 (euclidian)가 두 원자의 반 데르 발스 (van der Waals)에 0.5A를 더한 값보다 더 짧으면 경계로 간주된다는 사실에 근거합니다. 문제는 각 원자에 대한 반 데르 발스 (Van