biojava

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Java에서 합의 시퀀스를 구현하는 좋은 방법은 무엇입니까?

I는 다음과 같은 문제가있다 : I 한두 점이 다르다 DNA 시퀀스 (ACGT 이루어진)의 2 문자열을 갖는다. 차이점을 찾기 은 사소한, 그래서 난 그냥 수 알고 모두 가능성을 나타냅니다 그냥 각각의 차이 , 내가 consensus symbol (A 또는 C 예 : M)를 얻고 싶은 것을 무시하자 커다란 인 경우 캐스케이드하지만 추악하고 유지하기가 어려울

java bioinformatics biojava 2011-12-21

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Biojava 2 차 구조 예측

주어진 시퀀스에서 2 차 구조를 예측하기 위해 biojava에 사용할 방법이 있습니까? 아니면 누군가가 어떻게 구현할 수 있습니까? 어떤 소스 코드? 추천 할 exe?

prediction biojava 2014-07-23

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BioJava에서 PDB 대신 mmCIF 형식을 어떻게 사용할 수 있습니까? 나는 작은 문제가

... 나는 바이오 자바를 사용하여 다운로드합니다 PDB 구조를 위해 내가 대신 mmCIF 파일을 사용하려면 어떻게해야 Structure s = StructureIO.getStructure("code"); 사용해야 알아?

java protein-database biojava 2016-06-22

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GenBank 형식 파일을 FASTA 형식으로 변환

저는 Java에 익숙하지 않으며 GenBank 텍스트 파일을 FASTA 형식으로 변환 할 수있는 프로그램을 작성하려고합니다. 기본적으로 GenBank 형식 파일을 업로드 할 곳과 변환 된 FASTA 형식 파일을 표시하는 두 가지 texbox가 있습니다. 이은의 GenBank 형식의 파일입니다 LOCUS AB000263 368 bp mRNA line

java netbeans-6.9 fasta biojava genbank 2012-09-06

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java.net.SocketException : 네트워크에 연결할 수 없습니다 (Windows 8 Eclipse)

Windows 8에서 Eclipse를 사용하여 코드를 실행하는 데 문제가 있습니다. 아래 코드는 Linux에서는 Eclipse에서는 원활하지만 Windows 8에서는 실행되지 않습니다. package first import org.biojava.bio.structure.Atom import org.biojava.bio.structure.

java eclipse scala biojava 2014-01-20

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Bioinformatics - ATOMS 시퀀스를 얻어야합니다.

BioJava의 메소드를 검색하여 PDB 파일에서 Atom 시퀀스를 가져옵니다. BioJava API를 보았지만 getAtomSequence()의 경우 아미노산을 잡습니다. BioJava에서 여러 가지 다른 방법을 시도했지만 원하는대로 작동하지 않았습니다. 아무도 나를 도와 줄 수 있습니까? 감사

java bioinformatics biojava 2011-01-27

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