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저는 Java에 익숙하지 않으며 GenBank 텍스트 파일을 FASTA 형식으로 변환 할 수있는 프로그램을 작성하려고합니다. 기본적으로 GenBank 형식 파일을 업로드 할 곳과 변환 된 FASTA 형식 파일을 표시하는 두 가지 texbox가 있습니다. GenBank 형식 파일을 FASTA 형식으로 변환
이
은의 GenBank 형식의 파일입니다LOCUS AB000263 368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999
DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete
cds.
ACCESSION AB000263
ORIGIN
1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg
61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg
121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc
181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag
241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga
301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca
361 gacctgaa
//
와 해당 FASTA 형식의 파일은 다음과 같습니다
>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.|len=368
ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC
CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC
CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG
AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG
TTTAATTACAGACCTGAA
누구가의 GenBank 파일을 트림하는 방법-또는 코드에 조언 좀 도와 줄래 클릭 한 버튼을 통해 두 번째 텍스트 상자에 표시 할 수 있습니다.
Netbeans 6.9를 사용하고 있습니다.
시도해 보셨습니까? 예를 들어, Google은 Java에서 GUI를 구현하는 방법을 설명합니다. – gigadot
gui의 구현은 괜찮지 만 데이터를 다듬어서 필요한 것을 추출하고 올바른 순서로 다시 정렬하는 방법을 알아낼 수 없습니다. –
Google [말한다] (http://www.google.com/search?q=convert+ genbank + to + fasta + java) [변환기] (http://molbiol-tools.ca/Convert.htm)를 선택하십시오. – trashgod