Bioinformatics - ATOMS 시퀀스를 얻어야합니다.

Question

BioJava의 메소드를 검색하여 PDB 파일에서 Atom 시퀀스를 가져옵니다. BioJava API를 보았지만 getAtomSequence()의 경우 아미노산을 잡습니다. BioJava에서 여러 가지 다른 방법을 시도했지만 원하는대로 작동하지 않았습니다.

아무도 나를 도와 줄 수 있습니까?

감사

Answer 1

나는 그것을 해결 ... 관심에 대한 솔루션 :

try{ 

     PDBFileReader read=new PDBFileReader(); 
     Structure pdb=read.getStructure(filename); 
     System.out.println("PDB code :"+pdb.getPDBCode()); 

     List chains=Collections.synchronizedList(new ArrayList()); 
     chains=pdb.getChains(); 

     for(Iterator iter=chains.iterator();iter.hasNext();){ 
     Chain c=(Chain)(iter.next()); 
     System.out.println("Chain :"+c.getName()+"\n"+"Seq aa :"+c.getAtomSequence()); 
     for(int j=0;j<c.getAtomLength();j++){ 
      for (int k=0; k < c.getAtomGroup(j).size(); k++){ 
      Atom a=c.getAtomGroup(j).getAtom(k); 
      System.out.println("Name : "+a.getName()+" X : "+a.getX()+" Y : "+a.getY()+" Z : "+a.getZ()); 
      } 
     }