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현재 htslib을 사용하고 있으며 (심지어 bamtools도 사용할 수 있음) this과 같은 것을 통해 연속 읽기가 가능하지만이 코드를 편집하는 방법이 궁금합니다. 연속적으로 읽는 것이 아니라 m 번째 염색체에서 n 번째 읽기를 얻는 것입니다. 이것이 가능한가?밴 파일의 m 번째 염색체에서 n 번째로 읽음
A
답변
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m 염색체로 바로 이동할 수 있지만, 그 다음으로는 n 번째 판독을 선형으로 검색해야합니다. 대신 sam_read1()의
및 bamFileName라는 이름의 파일에 대응하는 htsFile * (bamFile) 제공, 하나는 것 :
hts_idx_t *idx = sam_index_load(bamFile, bamFileName);
hts_itr_t *itr = sam_itr_queryi(idx, m, 0, hdr->targetLen[m]);
그런 다음 bam1_t* 인 b에서 연속 정렬을 얻을 수 sam_itr_next(bamFile, itr, b)를 사용합니다.