R 패키지 채식을 사용하면 수동으로 메타 데이터를 추가하지 않고도 NMDS 플롯에 다른 요소의 줄임표를 추가 할 수 있습니까?

Question

서로 다른 시간 지점과 다양한 수집 지점에서 50 개가 넘는 샘플 지점을 사용하여 대규모 데이터 세트에서 NMDS 수식을 수행하려고합니다. 각 샘플 포인트에는 수천 개의 OTU가 시퀀싱/어셈블 링되어 있습니다.

줄임표를 추가하는 한 가지 방법은이 question과 같이 NMDS 플롯에 통합 할 수있는 '메타 데이터'를 수동으로 추가하는 것입니다.

그러나 앞서 언급 한 질문 에서처럼 수동으로 메타 데이터를 추가하는 지루하고 잠재적으로 오류가 발생하기 쉬운 프로세스를 거치지 않고 타원을 추가하고 싶습니다.

어떻게 든이 프로세스를 '자동화 할 수있는 방법이 있습니까? 샘플 포인트는 모두 같은 형식으로 표기되어 있습니다. 하나의 전형적인 예가 '12 .14.2011.NP '입니다. 'NP'는 샘플 사이트 중 하나를 의미합니다.

나는 'NP'점들과 모든 다른 샘플 사이트들에 대해서 어떻게 타원을 만들 수 있는지 알고 싶습니다. 이름은 모두 약어로 지칭됩니다.

감사합니다.

Answer 1

수준, 이름 또는 타원에 대한 다른 식별자가있는 변수를 사용할 수 있습니다. 이러한 식별자가 다른 문자열에 포함되어 있으면 불필요한 부분을 제거해야합니다. 문자열을 조작하려면 gsub, substring, strsplit을 참조하십시오. 당신의 이름은 당신이 준 유형의, 그리고 당신이 숫자와 점을 제거하고 문자를 마칠 경우이 작동합니다 :

gsub('[0-9.]', '', rownames(mydata)) 

:

gsub('[0-9.]', '', '12.14.2011.NP') 

또는 데이터 프레임에서 모든 이름 mydata에 대한