bioinformatics

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Weblogo - 셀레 노 시스테인 알파벳

나는 셀레 노 시스테인과 로고를 생성 할,하지만 난 reduced_protein_alphabet과 옵션을 선택하면 나는 오류 'Repetative 알파벳'를 얻을 weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry

console bioinformatics biopython 2017-10-18

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Picard SortSam 속도 향상?

피카드의 SortSam 속도를 높이는 방법을 궁금합니다. 그것을 실행하는 데 오랜 시간이 걸리며 GATK는 멀티 스레드가 될 수 있지만 Picard에는 아직 예제가 없습니다. 다른 사람들이이 문제를 어떻게 해결할 수 있는지 궁금합니다.

sorting bioinformatics picard 2017-10-27

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R에서 대괄호 {}를 사용하여 문자열의 여러 문자를 둘러싸는 방법은 무엇입니까?

유전 정보가 포함 된 데이터 세트가 있습니다. structure(list(GenBank.Accession.version = structure(1:2, .Label = c("JH739893", "JH751134"), class = "factor"), set = c(17L, 116L), snp.po.200.low = c(5480045, -102), snp.

r subset bioinformatics 2017-11-01

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PyMedTermino-0.3.3의 설치 파일을 컴파일 할 수 없습니다.

PyMedTermino-0.3.3의 setup.py 파일을 컴파일하려고합니다. 이 메시지 오류 방법 : destination_folder \ setup.py이 출력 에게 어떤 제안을 받고 를 구축 파이썬을 입력 한 후 존재하지 않는 패키지 디렉토리를 '. \ 유틸은'도움이 될 것입니다.

python-3.x bioinformatics biopython medical snomed-ct 2017-11-01

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python/Bioinformatics에서 코드 고정

아래 코드를 수정하려고합니다. from pylab import * protein = '' amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A'] while ________: protein += choice(amino_acids) if len(protein) == 1000: print(prot

python python-3.x for-loop while-loop bioinformatics 2017-11-07

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snakemake : 규칙을 다른 규칙에서 잘못된 모드로 연결하십시오.

동일한 snakefile에서 두 개의 규칙 (gatk_Mutect2 및 gatk_IndelRealigner)을 실행해야합니다. 다른 뱀 파일에이 규칙을 넣으면 오류없이 실행할 수 있습니다. 두 입력 기능 (get_files_somatic 및 get_files)을 사용합니다. 둘 다 사전 키로 사례 이름을 사용합니다. (각각의 경우는 정상입니다.) 이 룰을

bioinformatics snakemake 2017-11-09

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여러 시퀀스에서 Bio.Blast (NCBIWWW)가 실패하고 정지합니다

Python 2.7에서 NCBIWWW와 함께 Bio.Blast를 사용하여 BLAST를 통해 몇 개의 시퀀스를 구문 분석하려고합니다. 거기에 문제가 하나 또는 몇 시퀀스,하지만 NCBIWW.qblast() 항상 5-7 회 BLAST 검색 후 중지합니다. 중요한 것은 프로그램 은에서 충돌을 일으키지 않고 오류와 함께 종료됩니다. 단지 멈추고 영원히 멈추는 것입

python bioinformatics biopython blast ncbi 2017-11-13

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여러 스크립트가 동시에 실행될 때 Luigi 작업자 수 제한

동시에 여러 Luigi 작업 흐름을 실행할 때, 작업자 수가 합산됩니다. 즉, 두 개의 워크 플로를 함께 실행하고 작업자 수가 n으로 설정된 경우 luigi.cfg 파일에서 워크 플로가 동시에 n 명 이상의 작업자를 사용하는 경우 중앙 스케줄러는 2xn 근로자. Luigi의 설명서에서 동시에 12 개의 워크 플로를 실행하더라도 직원 수를 n으로 제한 할 수

python scheduler bioinformatics luigi 2017-11-14

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목록에 for 루프 출력 추가

목록에서 'for 루프'출력을 유지하는 것과 관련하여 이전에 질문 한 사항을 살펴 봤지만 내 기능에 적용 할 수없는 것 같습니다. 어쩌면 누군가 내가 잘못하고있는 것에 대해 내 단서를 줄 수 있습니다. dna_seqs <- list('id1', 'ATGGCAATAACCCCCCGTTTCTACTTCTAGAGGAGAAAAGT', 'id2', 'TCCGTTAAGA

r bioinformatics 2017-10-12

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PLink를 사용하여 위치 SNP별로 복제 된 것을 어떻게 제거합니까?

저는 PLINK와 함께 SNP 칩 데이터를 분석하고 있습니다. 중복 된 SNP를 제거하는 방법을 아는 사람이 있습니까?

bioinformatics genetics 2017-11-02

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