snakemake : 규칙을 다른 규칙에서 잘못된 모드로 연결하십시오.

Question

동일한 snakefile에서 두 개의 규칙 (gatk_Mutect2 및 gatk_IndelRealigner)을 실행해야합니다.

다른 뱀 파일에이 규칙을 넣으면 오류없이 실행할 수 있습니다.

두 입력 기능 (get_files_somatic 및 get_files)을 사용합니다. 둘 다 사전 키로 사례 이름을 사용합니다. (각각의 경우는 정상입니다.) 이 룰을 같은 snakefile에 넣으면 snakemake는 gatk_IndelRealigner의 입력에서 법선 ID를 찾으려고 시도합니다.

내 질문 : 두 규칙의 모호성을 어떻게 관리 할 수 ​​있습니까? 나는 snakemake가이 두 규칙을 연결하지 않기를 바란다.

def get_files_somatic(wildcards): 
    case = wildcards.case 
    control = aCondition[case][0] 
    return ["{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case),"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(control)] 

rule all: 
    input: expand("{sample}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",sample=create_tumor()), 
      expand("Results/vcf/{case}.vcf",case=create_tumor()), 

include_prefix="rules" 

include: 
    include_prefix + "/gatk2.rules" 
include: 
    include_prefix + "/mutec2.rules" 


rule gatk_Mutect2: 
    input: get_files_somatic, 
    output: "Results/vcf/{case}.vcf", 
    params: 
    log: "logs/{case}.mutect2.log" 
    threads: 8 
    shell: 

rule gatk_IndelRealigner: 
    input: 
     get_files, 
    output: 
     "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam", 
     "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bai", 
    params: 
    log: 
     "mapped_reads/merged_samples/logs/{case}_indel_realign_2.log" 
    threads: 8 
    shell: 

def get_files(wildcards): 
    case = wildcards.case 
    control = aCondition[case][0] 
    wildcards.control = control 
    return ["mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(case), "mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(control),"mapped_reads/merged_samples/operation/{}_{}.realign.intervals".format(case,control)] 

Answer 1

나는 정말로 당신의 문제를 이해하고 있는지 잘 모르겠습니다. 예를 들어, 나는 당신이 "각각의 경우에는 정상"이라는 말을 얻지 못합니다.

하지만 gatk_IndelRealigner ("{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam")의 출력 (case이 wildcards.case입니다 "{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case)) get_files_somatic의 결과 중 하나와 같은 파일 이름이 일어나는 것을 볼 수 있습니다.

gatk_Mutect2이 gatk_IndelRealigner에 "연결된"이유입니다.

일치하는 파일 이름을 기반으로 규칙을 입력과 출력간에 연결하는 것이 스나이커크의 본질입니다.

이 두 규칙을 연결하지 않으려면 다른 파일 이름이 필요합니다.