biopython

-2열

1답변

.py 파일을 실행할 수 없습니다. 그러나 파이썬의 모든 코드는 베일에 넣습니다.

from Bio import SeqIO import re, os import pandas as pd from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet import generic_dna from Bio.SeqRecord import SeqRecord os.chdir('c:\\Users\Workspace\\Desktop')

3열

1답변

pubmed 기사를 다운로드하고 읽는 방법?

게시 된 기사를 저장하고 읽는 데 문제가 있습니다. 이 페이지 here에는 특별한 파일 유형이 있지만 그 중 아무 것도 나를 위해 일하지 않은 것을 보았습니다. 데이터를 얻기 위해 키를 계속 사용할 수있는 방식으로 저장하고 싶습니다. 텍스트 파일로 저장하면 가능한지 모르겠습니다. 나는이 오류를 받고 있어요 import sys from Bio import

1열

1답변

Jupyter Notebook의 Biopython? Windows 7

저는 이미 파이썬 버전 3.6을 윈도우와 아나콘다에 설치했습니다. Jupyter Notebook의 코드에 Biopython 패키지를 사용하고 싶습니다. conda install -c anaconda biopython=1.68 아래 코드를 실행하려면 제대로 작동하지 않습니다. fasta는 시퀀스가 포함 된 파일 일뿐입니다. from Bio import

5열

1답변

Entrez에서 PubMed의 게시 데이터를 구문 분석 할 때 발생하는 문제

Entrez를 사용하여 게시 데이터를 데이터베이스로 가져 오려고합니다. 검색 부분은 잘 작동하지만 내가 구문 분석하려고하면 from Bio import Entrez def create_publication(pmid): handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml") records

1열

2답변

BioPython : 아미노산 서열에 'J'가 들어있어 분자량을 계산할 수 없습니다.

색인 1의 아미노산 서열을 가지고있는 Excel 파일에 제가 작업하고있는 데이터가 있습니다. 다른 속성을 계산하려고합니다. BioPython을 사용하여 시퀀스를 기반으로합니다. 지금 가지고있는 코드는 다음과 같습니다. import xlrd import sys from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis

0열

1답변

다중 입력을 위해 python에서 Fortran 프로그램을 실행하는 방법

저는 Fortran 프로그램을 가지고 있고 여러 파일을 위해 python으로 실행하려고합니다. 2000 개의 입력 파일이 있지만 Fortran 코드에서 한 번에 하나의 파일 만 실행할 수 있습니다. 파이썬으로 Fortran 프로그램을 어떻게 호출해야합니까? 내 스크립트 : import subprocess import glob input = glob.gl

2열

1답변

FASTA 형식의 서열 검색

나는 FASTA 형식의 DNA 서열에서 여러 개의 특정 서열을 찾은 다음 인쇄하려고합니다. 간단하게하기 위해 짧은 문자열 시퀀스를 만들어 문제를 보여 줬습니다. import re seq = "QPPLSK" find_in_seq = re.search(r"[^P](P|K|R|H|W)", seq) print find_in_seq.string[find_in_

0열

1답변

blopy biopython을 사용하여 파일을 만들지 않고

ncbi 서버에서 BLAST를 수행중인 작업 코드가 있고 xml 형식의 시퀀스가 반환됩니다. 그것은 작동하지만 새로운 파일을 만들고 BLAST 결과를 터미널에서 직접 인쇄하는 것을 피하고 싶습니다. 이것을하기위한 좋은 해결책이 있습니까? 내가 작동하는 코드 아래에 붙여 넣지 만 새 파일을 만듭니다. result_handle = NCBIWWW.qblast

3열

1답변

중복 스코어 행렬 biopython

나는 DNA 서열과 서열의 이름을 가진 FASTA 파일을 가지고 있으며, 나는 중첩 점수의 행렬을 만들 필요가있다. Biopython에서 모듈 pairwise2을 발견했습니다.이 모듈은 꽤 잘하는 것 같습니다. 내 시퀀스가 이미 정렬 된 것을 제외하고 pairwise2을 사용하면 시퀀스가 매우 길어지며 모든 정렬에 대해 동일한 오버랩 스코어를 얻게됩

3열

1답변

Biopython의 알파벳을 fasta 파일

에서 견적합니다. .fasta 파일을 Biopython으로 읽고 DNA, RNA 또는 단백질을 처리하는 경우 패키지 예상치를 얻으려고합니다. 지금까지,이 같은 데이터를 읽어 with open('file.fasta', 'r') as f: for seq in sio.parse(f, 'fasta'): # do stuff, depending o