FASTA 형식의 서열 검색

나는 FASTA 형식의 DNA 서열에서 여러 개의 특정 서열을 찾은 다음 인쇄하려고합니다. 간단하게하기 위해 짧은 문자열 시퀀스를 만들어 문제를 보여 줬습니다.FASTA 형식의 서열 검색

import re 
seq = "QPPLSK" 
find_in_seq = re.search(r"[^P](P|K|R|H|W)", seq) 
print find_in_seq.string[find_in_seq.start():find_in_seq.end()]

"QP"와 "SK"가 2 개 일치하는 경우에만 "QP"가 출력됩니다. 첫 번째 경기를 보여주는 대신 2 경기를 표시하려면 어떻게해야합니까?

감사

출처

2017-01-02 thenoob

사용 re.findall 더 이상 캡처 그룹이 있도록 정규식을 변경 - [^P](?:P|K|R|H|W) 또는 [^P][PKRHW] :

import re 
seq = "QPPLSK" 
find_in_seq = re.findall(r"[^P][PKRHW]", str(seq)) 
print(find_in_seq)

는 Python demo

참고를 참조하십시오 당신은 어느 것과도 일치 할 경우 P 이외의 문자 인 경우 [A-OQ-Z]을 사용하는 것이 좋습니다.

출처

2017-01-02 23:22:09

고맙지 만 FASTA 형식에서 동일한 방법을 시도 할 때 그 방법이 작동하지 않습니다. – thenoob

'seq'이 문자열이면 작동합니다. 'str (seq)'를 입력으로 전달해보십시오. –

예 시퀀스 (sequence) 대신에 [('A', 'S', 'T', 'Q'), ('F', 'W', 'J', 'M' . 첫 번째로 일치하는 시퀀스는 표시되지 않습니다. str을 사용하여 문자열로 구문 분석하더라도 문자열이라고 생각하지 않습니다. 문자열이 아니면 re.search도 작동하지 않습니다. – thenoob

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