biopython

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    fasta.gz의 SeqIO.parse

    코딩에 대해. Pytho/biopython을 처음 사용합니다. 이것은 내 첫 번째 온라인 질문입니다. 압축 된 fasta.gz 파일을 열어 정보를 추출하고 내 기능에서 계산을 수행하려면 어떻게해야합니까? 다음은 내가하려고하는 일 (다른 방법을 시도해 보았습니다)과 오류의 단순화 된 예입니다. 내가 사용하고있는 gzip 명령이 작동하지 않는 것 같습니다. w
    python biopython gz 2017-03-13

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    pdb가 종료 된 경우에도 Biopython에서 파일을 다운로드 할 수 없습니다.

    python3에서 biopython을 사용하여 자동으로 pdbs를 다운로드하려고합니다. 그러나 몇 pdbs 나는 404 오류가 발생 문제가 있습니다. urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found 한 예는 어떤 것이 작동하지 않고해야입니다 : 데이터베이스에 4YUU PDB의 파일 종료 및 다운로드 바이오 파이썬
    biopython 2017-03-16

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    출력에서 ​​괄호를 제거하십시오

    저는 이것이 python3의 초보자로서 당신에게 쉬운 질문이라고 생각합니다. fasta 파일의 헤더를 인쇄 할 때 괄호가 들어 있습니다. 어떻게 그들을 제거 할 수 있습니까 ?? import sys from Bio import Entrez from Bio import SeqIO #define email for entrez login db =
    python python-3.x bioinformatics biopython 2017-03-27

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    Biopython : 생물 복사를위한 .count() 사용

    내 목표는 DNA 시퀀스에 'g'가 나타나는 시간을받는 것입니다. 그때 I는 오류 print(seq.count('g')) 새로 작성된리스트 완 변수에 .count() 메소드를 사용하여 시도 seq = [record for record in SeqIO.parse('sequences/hiv.gbk.rtf', 'fasta')] 난 지능형리스트를 사용하여
    biopython 2017-03-31

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    pubmed에서 최신 논문을 얻는 방법

    이것은 약간의 특정 질문이지만, 누군가는 전에 이것을 했어야합니다. pubmed에서 최신 논문을 얻고 싶습니다. 특정 주제에 관한 논문이 아니라 모든 주제. 내가 수정 날짜 (mdat)에 따라 쿼리를 생각. biopython.py를 사용하고 내 코드는 다음과 같습니다. handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxd
    api bioinformatics biopython pubmed 2017-02-26

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    ModuleNotFoundError with Python

    C : \ Python36에 .exe를 사용하여 Python을 설치했습니다. Anaconda Distribution을 사용하고 C : \ Anaconda3에 .exe를 사용하여 설치했습니다. 나는이 같은 바이오 파이썬 패키지를 가져 파이썬 스크립트라는 이름의 biology.py이 cd Python36 (to go into Python36 directory)
    import module biopython 2017-03-03

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    EggLib Python에서 모집단 구조 표시

    파이썬에서 나는 EggLib을 사용하고 있습니다. VCF 파일에서 SNP 당 Jost의 D 값을 계산하려고합니다. 데이터 데이터 VCF 형식 here이다. 데이터 세트는 작고 인구는 2 명, 인구는 100 명, SNP는 6 개 (모두 1 번 염색체에 있음)입니다. 각 개인의 이름은 Pp.Ii입니다. 여기서 은 속한 인구수 색인이고 i은 개별 색인입니다. 코
    python dictionary bioinformatics biopython 2017-03-15

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    Biopython은 Derwent GENESEQ 형식을 구문 분석 할 수 있습니까?

    Derwent GENESEQ 데이터베이스에서 파일을 구문 분석하려고합니다. 파일은 EMBL 형식으로되어 있지만, SeqIO.parse('foo.dat', 'embl')을 깨는 작은 차이가 있습니다. 누구나 Biopython이나 다른 Python 라이브러리를 사용하여이 파일들을 성공적으로 파싱 했습니까?
    biopython 2017-03-16

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    Biopython PDB 모듈에서 잔기 번호와 잔기 이름 얻기

    현재 모든 잔여 물 번호를 얻기 위해 pymol의 반복을 사용하고 있습니다. 그런 다음 나머지를 사용하여 잔여 물 이름을 검색합니다. 나는 그것이 그것이하는 최선의 방법이라고 생각하지 않는다. biopython에서 아무 소용이없는 방법을 찾으려고 노력했습니다. 귀하의 의견과 제안에 감사드립니다. 가끔씩 chain [i] .resname까지도 KeyError
    python bioinformatics biopython 2017-03-17

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    Biopython을 사용하는 UnicodeDecodeError

    최근에 Biopython을 사용하여 Pubmed에서 일부 요약을 추출합니다. 내 코드는 다음과 같이 Python3 기록한다 : from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the total nu
    python-3.x biopython pubmed 2017-03-21
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