biopython

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나는 계통 발생 트리를 뉴윅 포맷으로 가지고있다. 터미널 노드의 레이블을 기반으로 하위 트리를 가져 오려고합니다 (종 목록을 기반으로 함). 내가 사용하고있는 나무의 사본은 여기에서 찾을 수 있습니다 : from Bio import Phylo #read in Phylogenetic Tree tree = Phylo.read('dm6.27way.nh', '

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파일 대신 변수에서 Biopython을 구문 분석합니다.

import gzip import io from Bio import SeqIO infile = "myinfile.fastq.gz" fileout = open("myoutfile.fastq", "w+") with io.TextIOWrapper(gzip.open(infile, "r")) as f: line = f.read() fileout

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refseq 등록 번호 목록 (NM_ <num> 및 NR_ <num>)에서 유전자 목록을 얻는 방법

저는 python 2.7을 사용하고 있고 refseq 등록 번호 목록에서 유전자 목록을 얻기 위해 biopython 또는 pyensembl을 사용하려고합니다. . 이 작업을 수행 할 수있는 간단한 방법이 있습니까?

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Biopython/EMBOSS WindowsError [오류 2]

EMBOSS 용 biopython 래퍼를 사용하여 약 100 개의 매우 긴 (> 8000 시퀀스) 시퀀스를 로컬로 정렬하려고합니다. 필자는 기본적으로 내 fasta 파일의 각 시퀀스를 해당 fasta 파일의 다른 모든 시퀀스와 로컬로 정렬해야합니다. 지금까지 나는 아래의 아주 기본적인 코드를 실행하는 것을 시도했다 : from Bio.Emboss.Appli

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biopython을 사용하는 genbank 파일의 일부만 다운로드하십시오.

저는 Biopython을 처음 사용하고 있으며 genbank 파일을 구문 분석 할 때 성능 문제가 있습니다. 많은 수의 gb 파일을 구문 분석해야하는데, 여기에는 수납 번호가 있습니다. 구문 분석을 한 후에는 파일의 분류 및 조직을 조사하기 만하면됩니다. 내가 가지고있는 분류를 찾기 위해 위해 from Bio import SeqIO from Bio imp

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Entrez.esearch 및 Entrez.efetch에 언어 필터 적용

Biopython을 사용하여 일부 결과에 대해 PubMed를 쿼리하고 있습니다. 다음은 코드의 일부입니다. def search(query): Entrez.email = '[email protected]' handle = Entrez.esearch(db = 'pubmed', sort = 'relevance',

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Entrez.esummary ('gene'db) : DictElement에서 uid를 검색하는 방법은 무엇입니까?

NCBI Entrez Gene 데이터베이스에서 유전자 요약을 검색하고 저장하려고합니다. uid도 유지하려고하지만 거기에 있지만 결과에서 검색 할 수있는 올바른 방법을 찾을 수 없습니다. 아래 (NB를 : 분명히 내 유효한 이메일 주소를 여기에 사용되지 않음) : 참조 from Bio import Entrez Entrez.email = "[email pro

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biopython으로 명령 줄에서 문제 처리 파일 SeqIO

이것은 처음이자 더러운 sys.argv[] 이외의 명령 행 인수를 사용하고 더 적절한 'python'스크립트를 작성하려는 시도입니다. 어떤 이유로 지금은 알아낼 수 없지만 명령 행에서 입력 파일을 사용하려고 시도하는 방법에 반대하는 것으로 보입니다. 스크립트는 입력 파일, 일부 숫자 인덱스를 가져온 다음 파일의 부분 집합 영역을 조각 내기위한 것이지만 전달

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Bio.Entrez의 efetch()는 PubMed 아티클의 모든 메타 데이터를 검색합니까?

Bio.Entrez의 efetch()이 입력으로 PMID가 주어지면 PubMed 아티클의 모든 메타 데이터를 검색하는지 궁금합니다. 모든 메타 데이터는 PubMed가 efetch()이 검색하는 것 이상의 메타 데이터를 가지고 있는지 여부를 의미합니다. efetch() : "AbstractText": [ "Rotator cuff tendinopath

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파이썬 (단백질 구조 파일)을 사용하여 PDB 헤더 정보를 파싱 하시겠습니까?

정제 통계 등의 헤더/REMARK 섹션에서 (대부분의) 정보를 추출 할 수있는 PDB 파일 (Protein Data Bank) 용 파서가 있습니까? 나는 Protein Data Bank에 이미 저장되어있는 구조가 아니라 파일이 생성 된 직후 파일에서 데이터에 액세스하는 데 주로 관심이 있다는 점에 유의할 가치가 있습니다. 이는 사용 된 정제 소프트웨어에 따