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저는 python 2.7을 사용하고 있고 refseq 등록 번호 목록에서 유전자 목록을 얻기 위해 biopython 또는 pyensembl을 사용하려고합니다. . 이 작업을 수행 할 수있는 간단한 방법이 있습니까?refseq 등록 번호 목록 (NM_ <num> 및 NR_ <num>)에서 유전자 목록을 얻는 방법
A
답변
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예, 간단한 방법이 있습니다. 그러나 당신은 항상 약간의 노력을 보여 주어야합니다.
from Bio import Entrez
Entrez.email = "[email protected]"
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id="NM_123456", retmode="xml")
record = Entrez.read(handle)
for feature in r[0]["GBSeq_feature-table"]:
for qualifier in feature["GBFeature_quals"]:
if "gene" in qualifier["GBQualifier_name"]:
print(qualifier["GBQualifier_value"])
# MHK7.14; MHK7_14
당신은 efetch 라인에서 일부 샘플을 얻고, 당신은 당신이 얻을 핸들러에서 추출 할 데이터를 찾아야한다 : 이것은 당신이 필요로하는 코드입니다.