2017-10-23 9 views
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나는 유닉스에 대한 기본적인 지식을 가지고있다. 이 이름 패턴을 가진 22 개의 파일 목록이 있습니다 : chr1_ASI, chr2_ASI, chr3_ASI ... chr22_ASI. 다음유닉스. 같은 이름이지만 다른 염색체 번호를 가진 Plink 파일을 반복하십시오. 출력물 생성

./plink --file /path/chr1_ASI --chr 1 --make-bed --out /path/chr1_ASI_filtered 

그리고 염색체 2-22에 대한 같은 :

가 나는 OS X 터미널이 가용 스루풋 명령을 사용하여 그들을 통해 루프합니다.

유닉스에서 for 루프를 사용하여이 스크립트를 단순화하고 싶습니다. 이것이 내가 가진 것입니다.

for i in {1..22}; do ./plink --file /path/chr${1}_ASI --chr ${i} --make-bed --out /path/chr${i}_ASI_filtered; done 

하지만 이는 작동하지 않습니다. 아마도 몇 가지 기본적인 실수를하고있을 것입니다. 미리 감사드립니다.

EDITED : 누군가가 알아 차린 것처럼 내 실수는 chr $ {1} _ASI 대신 chr $ {1} _ASI를 쓰는 것이 었습니다. 그렇지 않으면 스크립트가 완벽하게 정상적으로 실행됩니다. 변경

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오, 어떤 바보 같은 실수 /path/chr${i}_ASI에!. 고맙습니다. @ ZeroPhase – Lucas

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