genome

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나는 genomics에서 입찰 데이터 도구를 배우는 초보자이며 어떤 것이 문제인지 모르겠다. 이 링크의 명령과 오류 세부 사항 (너무 길기 때문에 복사 할 수 없다. 여기) https://egyptscholars-my.sharepoint.com/personal/asmaa_ali_egyptscholars_org/_layouts/15/guestaccess.as

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대형 바이오 형식 파일을 비동기 적으로 액세스 할 수있는 데이터베이스 형식의 파일로 변환하는 방법 width

장점! 저는 캔버스를 생성하기 위해 jgv.js (doc API)이라는 javascritp 프레임 워크를 사용하여 생물학적 데이터를 캔버스 차트로 렌더링하는 시각화 프로젝트를 가지고 있습니다. 코드에서 트랙의 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>I

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Plink로 개인 추출. 오류 : --keep 파일의 줄 1에 예상보다 적은 수의 토큰이 있습니다.

1000 개의 genomes 프로젝트에 2504 명의 파일이 있고 채우기 기준으로 필터링하려고합니다. 나는 (ACB) 최초의 인구에 대해 다음 한 : plink --file all1000gen --keep indACB.txt --make-bed --out all1000genACB 하지만 다음과 같은 오류 다시 제공합니다이 Error: Line 1 of

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bowtie2 실행 중 breseq 오류

최근 몇 가지 세균 시퀀싱 데이터를 분석하기 위해 breseq을 사용하려고했습니다. 그러나 breseqbowtie2을 사용하면 원시 데이터를 참조 게놈에 정렬 할 때 치명적인 오류가 발생합니다. 이 +++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_bres

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mysqli에서 테이블의 각 엔트리에 하이퍼 링크를 추가하십시오.

mysqli 데이터로 생성 된 테이블에서 각 유전자의 게놈 영역에 대한 직접 링크를 추가하려고하지만 길을 이해할 수 없습니다. 그 아이디어는 모든 유전자 이름이 게놈 브라우저에서 자신의 지역에 대한 하이퍼 링크를 가지고 있다는 것입니다. 사용자가 선택한 유전자에 따라 각 유전자에 대한 링크를 동적으로 생성해야 할 때 문제가 발생합니다. 나는 이것을 시도했다

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biopython의 게놈에 대한 폭발

from Bio.Blast import NCBIXML from Bio.Blast import NCBIWWW result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastn", "nr", "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", entrez_query='"B

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plink로 mach 포맷팅되고 귀속 된 genotyes (ENIGMA)를 처리하는 방법

ENIGMA 프로토콜을 사용하여 투약 된 투약 형태의 SNP의 유전자형을 받았습니다. 나는 plink --dosage [...] --fam [...] 사용하여이 데이터를 분석 할 (I 올바른 구문 믿습니다.) 각각의 염색체를 들어 , 나는 이러한 파일의 % tar -tf chromosome.21.tar chunk1-ready4mach.21.imputed.

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유닉스. 같은 이름이지만 다른 염색체 번호를 가진 Plink 파일을 반복하십시오. 출력물 생성

나는 유닉스에 대한 기본적인 지식을 가지고있다. 이 이름 패턴을 가진 22 개의 파일 목록이 있습니다 : chr1_ASI, chr2_ASI, chr3_ASI ... chr22_ASI. 다음 ./plink --file /path/chr1_ASI --chr 1 --make-bed --out /path/chr1_ASI_filtered 그리고 염색체 2-22에

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좌표로 인간 게놈 서열을 얻는 빠른 방법

나는 무수히 많은 인간 게놈 조각 (5 억 개 이상)을 무작위로 얻고 싶다. 이것은 전체 프로세스의 부분 작업입니다. 나는 bowtie의 .sam 결과 파일을 가지고 있으며, 천만 개의 인간 게놈은 정렬을 읽습니다. 각각의 쿼리를 'sam 파일에서 정렬 된 참조 시퀀스'와 비교하려고합니다. 내가 사용한 참조 시퀀스는 UCSC의 hg19.fa입니다. 그래서

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RealmSwift에 영역도 필요합니다.

프로젝트를 Swift 3으로 마이그레이션 중이며 RealmSwift (2.6.1) 및 Genome (3.2.0)에서 몇 가지 문제가 발생했습니다. RealmSwift 이외에 영역을 가져올 것을 요구, 그러나 required convenience init(realm: RLMRealm, schema: RLMObjectSchema) { self.init