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ENIGMA 프로토콜을 사용하여 투약 된 투약 형태의 SNP의 유전자형을 받았습니다. 나는 plink --dosage [...] --fam [...] 사용하여이 데이터를 분석 할 (I 올바른 구문 믿습니다.)plink로 mach 포맷팅되고 귀속 된 genotyes (ENIGMA)를 처리하는 방법
각각의 염색체를 들어, 나는 이러한 파일의
% tar -tf chromosome.21.tar
chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.erate.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.hapDose.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.haps.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.info.draft
chunk1-ready4mach.21.imputed.info.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.prob.gz
chunk1-ready4mach.21.imputed.rec.gz
없음 보이지 않는다 다음과 같은 파일로 구성되는 타르 파일을받은 plink's website에 언급 된 복용량 파일의 규격을 준수해야합니다. (특히 .dose.gz가 아닌 것 같습니다.)
누구나이 경험이 있습니까? 어떤 방식 으로든이 파일들을 수정해야합니까?
% plink --dosage $dose --fam $fam
PLINK v1.90b3.38 64-bit (7 Jun 2016) https://www.cog-genomics.org/plink2
(C) 2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3
Logging to plink.log.
Options in effect:
--dosage /home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz
--fam hammer.fam
32054 MB RAM detected; reserving 16027 MB for main workspace.
842 people (324 males, 518 females) loaded from .fam.
842 phenotype values loaded from .fam.
Using 1 thread.
842 people pass filters and QC.
Phenotype data is quantitative.
--dosage: Reading from
/home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz.
Error: Column 1 of
/home/moebius/tmp/chromosome.21/chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz's header
isn't 'SNP'.