bowtie2 실행 중 breseq 오류

Question

최근 몇 가지 세균 시퀀싱 데이터를 분석하기 위해 breseq을 사용하려고했습니다. 그러나 breseqbowtie2을 사용하면 원시 데이터를 참조 게놈에 정렬 할 때 치명적인 오류가 발생합니다.
이 +++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

(samtools FASTQ 변환) bowtie2을 실행하기 전에 모든 단계가 정상적으로 작동 :

여기에 내가 가진 오류의 중요한 부분이다. 오류에 따르면, 최소 점수 (--score-min L,0,0.9)로 0 인 점수 - 분 기능 때문이었습니다. bowtie2에 대한 명령은 기능을 --score-min L,0.1,0.9 (0은 0.1로 바뀜)으로 변경했을 때 개별적으로 작동했습니다. 하지만이 부분은 breseq에 인코딩 된 것처럼 보입니다 (그렇지 않습니까?). 내 문제에 대한

몇 자세한 내용 :
- breseq을 실행하기위한 명령이었다 breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- 원시 데이터 유형 : MiSeq (150x2)
- bowtie2의 버전 : 2.3.0
- breseq ' 운영체제 : Linux 16.04 LTS
- 테스트 결과도 비슷합니다.

버그입니까? 아니면 방금 잘못 사용 했습니까? 나는 어떤 의견이나 권장 사항을 주셔서 감사합니다.

Answer 1

맞습니다. 이 오류는 새 bowtie2 버전 (2.3.0)이 breseq에서 호출하는 옵션을 허용하지 않기 때문에 발생합니다.

다음 버전의 breseq은 새로운 bowtie2와 호환되도록 옵션을 업데이트합니다. 1 ~ 2 주 안에 발표해야합니다. 이 코드는 GitHub 저장소에서 빌드하고 bowtie 2.3.0을 사용하려는 경우 이미 체크되어 있습니다. 또는 현재 버전의 breseq에서 bowtie2의 2.2.9 버전을 일시적으로 사용할 수 있습니다.