Question

from Bio.Blast import NCBIXML 
from Bio.Blast import NCBIWWW 

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn", 
    "nr", 
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", 
    entrez_query='"Beutenbergia cavernae DSM 12333" [Organism]') 

blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) 

for blast_record in blast_records: 
    for alignment in blast_record.alignments: 
     for hsp in alignment.hsps: 
      print(hsp.query[0:75] + '...') 
      print(hsp.match[0:75] + '...') 
      print(hsp.sbjct[0:75] + '...') 

이 시퀀스는 사실 게놈 시퀀스인데도 불구하고 결과를 얻어야합니다. 어디서 오류가 있습니까? 검색어가 맞습니까?

Answer 1

귀하의 질의가 결과를 반환하지 않습니다. 폭발의 기본 매개 변수가 원인입니다. 이러한 매개 변수는 작은 길이 쿼리의이 특별한 경우에 잘 작동 :

result_handle = NCBIWWW.qblast(
    "blastn", 
    "nr", 
    "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", 
    megablast=False, 
    expect=1000, 
    word_size=7, 
    nucl_reward=1, 
    nucl_penalty=-3, 
    gapcosts="5 2", 
    entrez_query='Beutenbergia cavernae DSM 12333 [Organism]') 

특히 expect 매개 변수는 여기에 중요한 역할을한다.