나는 행운과 구글을 시도했습니다. 파이썬으로 끝났지 만 코드가없는 강력한 멀티 어레이 평균에 대한 약한 언급을 보았습니다. 나는 바퀴를 다시 발명하는 것에별로 관심이 없다. 파이썬 모듈에 대한 제안, 스크립트 ....microarray 데이터의 강력한 다중 배열 평균에 대한 파이썬 스크립트
좋은 설명이나 알고리즘 예제를 찾을 수 있다면 공유 할 파이썬 구현을 작성합니다.
내가 정의한 내용이 아니더라도 내가 당신에 대해 무엇을 말하고 있는지 잘 모르겠다면이 부분을 살펴볼 수 있습니다. http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/gcrma.html
gcrma 패키지가있는 R 용 Python 인터페이스를 사용하는 것이 좋습니다. RPy은 시스템에 설치된 모든 R 모듈을 사용할 수있게 해주는 모듈입니다. Bioconductor에는 R에 대해 gcrma module이 있습니다.이 작업을 수행하는 Python 용 모듈을 찾을 수 없습니다.
나는 유전체학을 연구하는 생물 학자이며 5-6 개의 마이크로 어레이 프로젝트에 기여했다. 나는 또한 파이썬에 매우 능통하며 R에서 꽤 잘 할 수있다.
파이썬은 훌륭한 언어이지만, 지금은 스위트를 쉽게 사용할 수있는 모듈이 없다는 것을 알고있다. 반면에 R은 마이크로 어레이 분석을위한 광범위한 패키지를 제공합니다.
microarray 데이터 분석이 표준 microarray 칩/기술의 의학적 사용에 의해 주도되는 방식을 감안할 때, 생물학적 연구는 분석 목적으로 개발 된 (주로 R) 패키지를 사용해야했습니다. 불행히도, 나는이 상황이 더 많은 연구 프로그램 학생들의 군중에 의해 인정되지 않는 더 완전한 프로그래밍 언어로 마이크로 어레이 데이터 분석에 대해 그렇게 흥미로운 틈새를 남기지 않았다고 믿는다.
희망이 있으면 파이썬 대안을 찾으십시오.이 경우 알려주십시오.
건배
이 질문에 이상 6 년 전, 내가 같은 질문 최근 자신을 물었을 때 질문을 받았다하더라도, 나는 여전히 RMA의 좋은 파이썬 구현을 찾을 수 없습니다. 그래서 저는 방법론에 대한 연구의 무리를하고 일을 자신 썼다 :
: https://github.com/flo-compbio/pyaffy가 나는 또한 몇 가지 기술적 인 내용이수록 그것에 대해 기사를 쓴 :
그게 좋습니다. 나는 코드의 품질이 낮기 때문에 같은 일을 끝내지 만 오픈 소스를 오픈하지 않았다. 이제 오픈 소싱이 코드를 향상시키는 방법이라는 것을 알고 있습니다. – Vincent
R 사용에 관심이 많지 않습니다. STATA 팬 일종입니다. 실제로 사용 된 실제 알고리즘을보고 싶습니다. 이것은 찾기가 쉽지 않습니다. 내가 그것을 발견 할 수 있다면 나는 파이썬으로 포팅 할 것이다. – Vincent