system() 명령을 사용하여 여러 개의 R 스크립트 실행

Question

Windows 7에서 RStudio를 실행 중입니다. 57 개의 새로운 R 스크립트를 생성하는 마스터 스크립트를 작성했습니다. 각 스크립트에는 두 개의 매개 변수를 기반으로 함수를 실행하는 명령이 있습니다.

vector1 <- c(1:19) 
vector2 <- c(1:3) 

첫째, 마스터 스크립트를 사용하여 두-루프 내 작업 디렉토리에있는 57 스크립트의 각을 생성하는 ('DEF'vector2에 대한 인덱스를 사용 vector1, 하나의 인덱스 'ABC'를 사용하여 하나) 다음 파일 이름 규칙을 따르는 파일 :

run_inference_<<vector1[abc]>>_<<vector2[def]>>.R 

해당 부분이 성공적으로 실행됩니다. 57 개의 스크립트가 각각 올바른 명령으로 생성됩니다. 내 작업 디렉토리는 이제 파일 등 run_inference_1_1.R, run_inference_1_2.R를 포함

그때 동시에 내 마스터에서 모두 57 스크립트를 실행하고 싶은 마지막 것. 나는 for-loop 내부에서 다음을 시도했다.

system(paste0("Rscript run_inference_",abc, "_", def, ".R"),wait = F) 

이것은 작동하지 않는다. 그러나 생성 된 57 개의 스크립트 중 하나를 열고 실행하면 해당 스크립트에서 원하는 결과를 얻습니다. 이것은 문제가 제가 작성한 system() 명령 안에 있음을 말해줍니다.

각 57 개의 스크립트는 계산이 많이 필요하지 않으며 (지금), 지금하고 싶은 테스트는 내 PC에서 2 분이 걸릴 것입니다. system() 명령을 편집하여 57 개의 스크립트를 모두 동시에 실행할 수 있습니까?

Answer 1

큰 스크립트에서 system을 한 번 호출하면 실행되지 않는 프로그램이 스크립트 자체를 병렬화하는 방법을 알지 못합니다. 다른 R 프로세스에서 system을 여러 번 호출하여이 작업을 수행 할 수 있습니다.

scripts <- paste0("Rscript run_inference_", abc, "_", def, ".R") 

# make lots of R processes, assuming the script to be called won't eat CPU 
cl <- parallel::makeCluster(30) 

parallel::parLapply(cl, scripts, function(script) system(script)) 
parallel::stopCluster(cl)