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BaseSpace에서 fastq 형식으로 데이터를 다운로드 할 수 있기를 원합니다. 브라우저를 통해 데이터를 다운로드 할 수 있지만 Linux 명령 행을 사용하여 데이터를 다운로드하고 싶습니다.Illumina BaseSpace에서 데이터 다운로드
... 나는 이미 API를 만들기로 찾고 있어요,하지만 난 전혀 그 어떤 경험이없는
이 달성 할 수있는 간단한 방법이 있나요?
A
답변
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Illumina에서 개발 한 도구 - - 원하는 작업을 간소화합니다. basemount를 사용하면 내 Linux 머신에 BaseSpace Sequence Hub를 마운트 할 수 있습니다.
mkdir BaseSpace
basemount BaseSpace
가 내 BaseSpace 계정의 웹 사이트에 표시된 하나의 동일한 디렉토리 구조의 폴더 (BaseSpace)를 얻을 : 나는 실행 예를 들어
. 그런 다음 내 로컬 컴퓨터에 BaseSpace에서 파일을 복사, 난 그냥 수행
cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/
basemount를 설치하고 로그인에 BaseSpace 계정으로하는 방법에 대한
documentation를보고하십시오.
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답변 주셔서 감사합니다. 지난 몇 달 동안이 방법을 이미 구현했습니다. – Fingashpitzzz
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나는 API를 사용하여이 같은 일을하고 있어요,하지만 스크립트가 여기에 같은 일을위한 사용자 친화적 인 래퍼 것으로 보인다 : 그것은 당신이 선택하면 당신이받을 자격 증명이 필요
https://github.com/nh13/basespace-invaders
https://developer.basespace.illumina.com/에 "새 응용 프로그램 만들기"로; 위의 github에 대한 README 페이지에는 몇 가지 지침이 있습니다.
브라우저로 어떻게 할 수 있습니까? 아카이브에 fastaq 형식의 URL이 있습니까? 그렇다면 wget –
Llopis
@Llopis를 시도해 볼 수 있습니다. 브라우저를 통해이 작업을 수행하는 방법은 [이 링크] (https://support.basespace.illumina.com/knowledgebase/articles)에 설명되어 있습니다./145775-download-fastq-files-from-a-project-using-the-file)을 사용하십시오. 나는 물건을 다운로드하기 위해'wget'을 사용할 수 있다는 것을 알고 있습니다. 이미이 방법을 시도했지만 작동하지 않습니다. – Fingashpitzzz
그런 다음 [this] (https://developer.basespace.illumina.com/) 옵션이 있고 자신의 스크립트를 작성하면 이미 [API] (https : //developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/rest-api/api-reference). [이 스레드] (https://groups.google.com/forum/#!searchin/basespace-developers/A$20more$20gentle$20introduction$20to$20the$20python$20API/basespace-developers/jj7-IPXDgCY/hj8JYFMhwscJ) 특히 흥미로운 것 같다 – Llopis