rcdk R 패키지가 SMILES 코드의 지문을 계산하지 못합니다.

Question

chEMBL 22 데이터베이스에서 사용 가능한 FDA 승인 의약품에 스마일 코드를 사용하고 있습니다. 나는 package rcdk를 사용하고 나는이 코드를 사용하고 있습니다 :

library(rcdk) 

dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) 
smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smiles) 
cmp.fp<-vector("list",nrow(dat1)) 

## generate fingerprints 
for (i in 1:nrow(dat1)){ 
    cmp.fp[i]<-lapply(smi[[i]][1],get.fingerprint,type="maccs") 

} 

##Convert fingerprints to matrix form 
fpmac<-fp.to.matrix(cmp.fp) 
cmp.finger<-as.data.frame(fpmac) 

을하지만

smi <- lapply(as.character(chembl_22_drug_export$CANONICAL_SMILES), parse.smiles) 

을 할 때 나는이 문제를 해결 어떻게

Error in .jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob) : 
    Java Exception <no description because toString() failed>.jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob)<S4 object of class "jobjRef"> 

이 친절하게 안내 다음과 같은 오류를 얻을 오류?

Answer 1

rcdk 패키지를 설치하지 않으면 오류가 발생합니다. rJava 패키지 요구 사항으로 인해 오류로드로 인해 오류가 발생합니다. rcdk 패키지에는 7 개 이상의 jdk가 필요합니다. JAVA_HOME을 echo하고 언어와 함께 로케일을 업데이트하십시오. 환경 변수를 갱신해야합니다. Java 환경을 갱신 한 후 R을 닫고 R 콘솔을 다시 시작하십시오. 기억하십시오 : rcdk 패키지는 지문과 rJava로 라이브러리를 지원해야합니다.