다른 인수로 동일한 프로그램의 여러 인스턴스를 실행하는 PBS

Question

동일한 프로그램을 여러 번 실행하지만 PBS를 통해 제출 된 클러스터의 각 인스턴스마다 다른 인수를 사용하는 방법은 무엇입니까? 또한 각 프로그램을 별도의 노드로 지정할 수 있습니까? 현재 다음 스크립트를 사용하여 PBS를 가지고있는 경우 :

#PBS -l nodes=1:ppn=1 
/myscript 

단일 노드에서 단일 프로그램을 한 번 실행합니다. 다음 스크립트를 사용하는 경우 :

#PBS -l nodes=1:ppn=1 
/mscript -arg arg1 & 
/myscript -arg arg2 

나는 각 프로그램을 연속적으로 실행하지만 하나의 노드 만 사용한다고 생각합니다. 여러 노드를 선언 한 다음 실행하려는 프로그램의 각 인스턴스에 특정 노드를 위임 할 수 있습니까?

많은 도움이나 제안을 부탁드립니다. 나는 어떤 것에 대해서 명확하지 않거나 잘못된 용어를 사용하는 것에 대해 사과드립니다 ... 저는 클러스터 컴퓨팅에 아주 익숙합니다.

Answer 1

MPI 형식을 사용하여이를 수행하려고합니다. MPI는 메시지 전달 인터페이스의 약자이며 인터페이스를 구현하는 많은 라이브러리가 있습니다. OpenMPI는 PBS와 잘 통합되어 있으므로 사용하는 것이 좋습니다. 당신이 새라고 말하면, 당신은 이것을 이해할 수 있습니다. tutorial.

Answer 2

GNU Parallel이 목적에 이상적입니다. 귀하의 경우의 예 PBS 스크립트 :

#PBS -l nodes=2:ppn=4 # set ppn for however many cores per node on your cluster 
#Other PBS directives 

module load gnu-parallel # this will depend on your cluster setup 

parallel -j4 --sshloginfile $PBS_NODEFILE /mscript -arg {} \ 
    ::: arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 arg6 arg7 arg8 

GNU Parallel가 여러 노드에 SSH 연결을 처리합니다. 명령 줄에 인수를 사용하여 예제를 작성했지만 텍스트 파일에서 인수를 읽는 것이 좋습니다. 다음은 man page 및 tutorial에 대한 링크입니다. 옵션 -j4은 ppn (노드 당 코어 수)과 일치해야합니다.