AssertionError : 명령을 사용하여 곡면 파일을 생성하지 못했습니다.

Question

msms.exe가이 간단한 스크립트로 작업하지 않게됩니다. 디버깅에 도움이됩니다. 나는 다른 pdb, 동일한 결과로 그것을 시도했다. ResidueDepth.py을 살펴볼 수도 있습니다.

AssertionError를 : MSMS -probe_radius 1.5 C -if : \ 사용자 \ 아마드 \의 AppData \ 로컬 \ 임시 \ tmp2pa74le2의 클로 C : 명령을 사용하여 표면에 파일을 생성하지 못했습니다 사용자를 \ \ 아마드 \의 AppData \ 로컬 \ 온도를 \ tmpf7zqwkg6> C : \ 사용자 \ 창에서 실행할 수 없습니다 BASH 스크립트입니다 아마드 \의 AppData \ 로컬 \ 임시 \

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth 

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb') 
model = s[0] 

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb') 
print(rd[(chain_id, res_id)]) 

Answer 1

ResidueDepth 코드 pdb_to_xyzr에 따라 tmpncvn65g4. 이 문제와 관련하여 문제가 발생했습니다. here.