ODE Hill kinetics에서 확률 론적 질량 작용까지

Question

ODE가있는 모델을 확률 론적 모델로 변환 할 때 문제가 있습니다.

1) k6f2 * PKB_S473P^N6/(km6^N6 + PKB_S473P^N6)) * AS160

2) k9f1 * S6K * mTORC1a^N9/(:

원래 모델은 두 식을 포함 힐 키네틱 스 (Hill kinetics)로 기술 된, 화학식 (1) 및 (2)의 화합물을 포함한다.

이전의 두 표현식을 확률 론적 시뮬레이터를 사용하여 시뮬레이션 할 수있는 대중 행동 법칙으로 변환하는 방법을 궁금합니다.

미리 감사드립니다.

Answer 1

대용량의 경우, 이전 농도가 으로 바뀌 었으므로 비율로 나타 났으 나 후자는 그렇지 못했기 때문에 변환 동작 동역학을 만족스러운 방식으로 수행 할 수 없었습니다. 대량 행동 법칙은 Hill 동역학에서 볼 수있는 포화 효과를 보여주지 않습니다. 기껏해야 힐 (Hill) 함수 을 로컬 동작 인으로 근사시킬 수 있지만 안정적인 정상 상태를 중심으로 시뮬레이션을 수행해야합니다. 또는 중간 종과 적절한 계수로 반응을 도입하면 Michaelis-Mentens 동역학 (단위 언덕 계수가있는 언덕 동역학)을 얻을 수 있습니다. 원칙적으로 더 복잡한 중간 종을 사용하여 협동성을 되 찾을 수는 있겠지만 이것은 아마도 관련이 있습니다.