csv를 Newick 트리로 변환

Question

각 줄마다 다음과 같은 형식의 계층 데이터를 나타내는 csv 파일이 있습니다. '문란', '클래스', '주문', '가족', '속', '종' Subspecies ','unique_gi '

대표 전화 Newick tree format으로 변경하고 싶습니다. 새로운 방법이나 파이썬 패키지가 놀랄 것입니다. 고맙습니다!

Answer 1

간단한 파이썬을 사용하여 CSV에서 트리를 작성한 다음 Newick 트리에 작성할 수 있습니다. 이것이 당신이하려는 일인지 아닌지 확실하지 않습니다.

import csv 
from collections import defaultdict 
from pprint import pprint 

def tree(): return defaultdict(tree) 

def tree_add(t, path): 
    for node in path: 
    t = t[node] 

def pprint_tree(tree_instance): 
    def dicts(t): return {k: dicts(t[k]) for k in t} 
    pprint(dicts(tree_instance)) 

def csv_to_tree(input): 
    t = tree() 
    for row in csv.reader(input, quotechar='\''): 
     tree_add(t, row) 
    return t 

def tree_to_newick(root): 
    items = [] 
    for k in root.iterkeys(): 
     s = '' 
     if len(root[k].keys()) > 0: 
      sub_tree = tree_to_newick(root[k]) 
      if sub_tree != '': 
       s += '(' + sub_tree + ')' 
     s += k 
     items.append(s) 
    return ','.join(items) 

def csv_to_weightless_newick(input): 
    t = csv_to_tree(input) 
    #pprint_tree(t) 
    return tree_to_newick(t) 

if __name__ == '__main__': 
    # see https://docs.python.org/2/library/csv.html to read CSV file 
    input = [ 
     "'Phylum','Class','Order','Family','Genus','Species','Subspecies','unique_gi'", 
     "'Phylum','Class','Order','example'", 
     "'Another','Test'", 
    ] 

    print csv_to_weightless_newick(input) 

예 출력 :

$ python ~/tmp/newick_tree.py 
(((example,((((unique_gi)Subspecies)Species)Genus)Family)Order)Class)Phylum,(Test)Another 

또한,이 라이브러리는 멋진 것, 그리고 당신이 당신의 나무를 시각화 할 수 있습니다 : http://biopython.org/wiki/Phylo