ALDEx 2가 q 값을 반환하지 않습니다

Question

ALDEx 2 (http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0067019#s3)에서 RNA-Seq 데이터를 분석 중입니다. 어떤 이유로 든 최종 결과 테이블에 q 값이 누락되어 있습니다. 내 코드는 출력의 처음 4 줄과 마찬가지로 아래에 있습니다. 무슨 일이 일어나고 있는지에 대한 제안이 있습니까?

번호 :

data<-read.table("M_ARxCH.txt",sep="\t", header=T,stringsAsFactors=T,row.names=1) 
cond<-c("AR","AR","AR","CH","CH","CH") 
ARxCH<-aldex(data,cond,mc.samples=256) 
ARxCH_Sum<- summary.aldex(ARxCH) 

출력 :

rab.all.q50 rab.win.AR.q50 rab.win.CH.q50 diff.btw.q50 diff.win.q50 effect.q50 criteria.we.pval criteria.we.lfdr criteria.we.BH criteria.wi.pval criteria.wi.lfdr criteria.wi.BH 
FBgn0012691 1 1 2 1 6 0 0.71 0.735 0.759 0.705 1 0.979 
FBgn0012692 0 0 1 0 6 0 0.577 0.256 0.662 0.907 1 0.993 
FBgn0020474 -6 -6 -6 1 2 0 0.451 0.345 0.701 0.554 1 0.905 

된 매뉴얼에 따라, criteria.we.pval 및 criteria.we.lfdr 사이 표기된 컬럼 criteria.we.qval이 있어야

Answer 1

Gwilymh, q 값은 Benjamini-Hochberg 거짓 발견 률 보정으로 대체되었습니다. 이것은 criteria.we.BH 란에 있습니다