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몇 가지 인간 단일 염기 다형성 (SNPs)으로 시작하여 1000 SNPS의 목록 (data.table 또는 csv 파일)을 생성 할 수있는 모든 알려진 SNPS 데이터베이스를 어떻게 쿼리 할 수 있습니까? SNP는 tagSNP이고, MAF (minor allele frequency)는 무엇이며 시작 SNPS로부터 얼마나 떨어져 있습니까?SNP의 유전학 데이터베이스를 쿼리하려면 어떻게해야합니까?
R에서이 작업을 수행하는 것을 선호합니다 (그래도 될 필요는 없지만). 어떤 데이터베이스를 사용해야합니까? 나의 시작점은 시작 snps (예 : rs3091244, rs6311 등)를 나열하는 것입니다.
나는 나의 출발점 일 수있는 좋은 간단한 Bioconductor 패키지가 있다는 것을 확신합니다. 근데 뭐? 혹시 해 봤니? 3 ~ 5 줄 정도의 코드로 처리 할 수 있다고 상상해보십시오.
프로그래밍상의 질문이 아니기 때문에이 사이트에 속하지 않습니다. – nograpes
@nograpes Stackexchange에서 가장 좋은 사이트가 무엇인지 알아 내려고했는데 여기 또는 생물학 중 하나였습니다. 이 둘의 인터페이스입니다. 너무 생물학 및 프로그래밍을위한 간단한 데이터/databasey. – Farrel
그것은 실제로이 두 인터페이스의 인터페이스가 아니며 대부분이 사이트에 속하지 않는 데이터베이스를 찾는 것입니다. 일부 데이터, 코드 및 문제를 게시 할 수없는 경우 스택 오버플로에 속하지 않은 것 같습니다. – nograpes