GEOquery의 getGEO 명령 사용 중 오류 Bioinfomatic 용 R 패키지

Question

Windows 7 OS에서 3.1.2 버전의 R 사용. 생물 정보학에 GEOquery 패키지를 사용하는 중에 문제가 있습니다.

나는 그것이 저를 도와주세요

gset <- getGEO("GSE1739", GSEMatrix = FALSE) 

와 함께 잘 작동하지만 명령이

library(Biobase) 
library(GEOquery) 
library(limma) 
library(RCurl) 
library(XML) 

# load series and platform data from GEO 

gset <- getGEO("GSE1739", GSEMatrix = TRUE) 

나는 오류

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1739/matrix/ 
Error in function (type, msg, asError = TRUE) : 
    Failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov port 21: Timed out 

를 얻을 실행할 때. 미리 감사드립니다.

Answer 1

네트워크 문제로 인해 시간 초과 오류가 발생할 수 있습니다. 그래도 오류가 계속 발생하면 웹 브라우저로 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1739/matrix/에 액세스 할 수 있는지 확인하십시오. GSEMatrix = TRUE은 GEOquery 버전 2.32에서 정상적으로 작동하는 것으로 보입니다.

#R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet" 
#Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing 
#Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
> library(GEOquery) 
> 
> # load series and platform data from GEO 
> # test GSEMatrix = TRUE 
> gset <- getGEO("GSE1739", GSEMatrix = TRUE) 
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1739/matrix/ 
Found 1 file(s) 
GSE1739_series_matrix.txt.gz 
trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1739/matrix/GSE1739_series_matrix.txt.gz' 
using Synchronous WinInet calls 
opened URL 
downloaded 301 Kb 

File stored at: 
C:\Users\david\AppData\Local\Temp\Rtmp8SU6Se/GPL201.soft 

> summary(gset) 
          Length Class   Mode 
GSE1739_series_matrix.txt.gz 1  ExpressionSet S4 
> sessionInfo() 
R version 3.1.2 (2014-10-31) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
#... 
other attached packages: 
[1] GEOquery_2.32.0  Biobase_2.26.0  BiocGenerics_0.12.1 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] bitops_1.0-6 RCurl_1.95-4.5 tools_3.1.2 XML_3.98-1.1 
>