StringBuilder.indexOf()를 사용하여 발생하는 문자열의 모든 위치 얻기

Question

자바 초보자가 여기 있습니다. 저는 현재 인간 DNA의 일부를 검색하는 프로그램을 만들고 있습니다. 특히 StringBuilder.indexOf()를 사용하여 StingBuilder 내에서 String의 모든 항목을 찾고 싶습니다. 그러나 모든 것이 필요합니다. 단지 첫 번째가 아닙니다.

코드 :

public void search(String motive){ 
    int count = 0; 
    gene.indexOf(motive); // gene is the Stringbuilder 
    count++; 


} 

나는 유전자의 StringBuilder의 동기 플러스 동기가 유전자에 얼마나 자주 카운터의 모든 발행 수 있어야합니다. indexOf()는 첫 번째 발생 만 표시하므로 도움이 필요합니까?

Answer 1

저는 유전자 서열이나 하위 서열 내 특정 염기 서열의 지표를 찾고 있다고 생각합니다. 다음 예제 클래스는 Java의 정규 표현식 라이브러리를 사용하여 다음과 같은 일반적인 접근법을 보여줍니다.

package jcc.tj.dnamatch; 

import java.util.ArrayList; 
import java.util.List; 
import java.util.regex.Matcher; 
import java.util.regex.Pattern; 

public class Gene { 
    private String gene; 

    public Gene() {} 

    public Gene(String gene) { 
     this.gene = gene; 
    } 

    public List<Integer> find(String seq) { 
     List<Integer> indices = new ArrayList<Integer>(); 

     Pattern pat = Pattern.compile(seq); 
     Matcher m = pat.matcher(gene); 

     while (m.find()) 
     indices.add(m.start()); 

     return indices; 
    } 

    public String getGene() { 
     return gene; 
    } 

    public void setGene(String gene) { 
     this.gene = gene; 
    } 
} 

위의 예에서 Matcher를 사용하여 패턴을 찾습니다. 더 효율적일 수있는 다른 String 기반 알고리즘이 있지만 출발점으로 Matcher는 모든 유형의 텍스트 패턴 검색에 대한 일반적인 솔루션을 제공합니다.

문자로 된 뉴클레오티드 (ATCG)는 매우 유연하고 편리하여 문자열 기반 도구를 사용하여 시퀀스 및/또는 하위 시퀀스를 분석하고 특성을 지정할 수 있습니다. 불행히도, 그들은 잘 확장되지 않습니다. 그러한 경우, 서열을 표현하고 관리하기위한 좀 더 구체적인 생물 정보학 기술을 고려하는 것이 낫다.

특정 기술에 대한 좋은 참조는 서적 Next Generation Sequencing Technologies and Challenges in Sequence Assembly의 2 장 - 차세대 시퀀싱의 알고리즘 및 데이터 구조입니다. 더 자세한 PDF 미리보기는 this Google 링크에서 제공됩니다. 비록 내가 영원히 작동하지 않을지라도.

BioJava을보고 싶을 수도 있습니다. 필자는 자바에서 당신을 멀게하고 싶지는 않지만 Perl은 시퀀스 분석을위한 또 다른 좋은 대안이다. Beginning Perl for Bioinformatics; Perl and Bioinformatics; 또는 BioPerl.

이 답변은 TMI 일 수 있음을 알고 있습니다. 그러나 귀하 또는 다른 사람들이보다 적절한 해결책을 찾는데 도움이된다면 그 목적을 달성 할 수 있습니다.

는

편집 : 아래의 의견을 바탕으로

,이 검색이 StringBuilder.indexOf()하여 수행 할 것을 요구 사항 주어진 숙제 질문 것으로 보인다. 다음 방법은 그에 따라 검색을 수행합니다.

public List<Integer> findBySb(String seq) { 
    List<Integer> indices = new ArrayList<Integer>(); 
    StringBuilder sb = new StringBuilder(gene); 
    int strIdx = 0; 

    while (strIdx < sb.length()) { 
     int idx = sb.indexOf(seq, strIdx); 
     if (idx == -1) 
      break; 
     indices.add(idx); 
     strIdx = idx + seq.length(); 
    } 

    return indices; 
} 

동일한 indexOf() 접근법을 문자열과 함께 사용할 수 있습니다.

public List<Integer> findByString(String seq) { 
    List<Integer> indices = new ArrayList<Integer>(); 
    int strIdx = 0; 

    while (strIdx < gene.length()) { 
     int idx = gene.indexOf(seq, strIdx); 
     if (idx == -1) 
      break; 
     indices.add(idx); 
     strIdx = idx + seq.length(); 
    } 

    return indices; 
} 

모두 StringBuilder와 String 따라서 기능적으로 차이가 없으며, String.indexOf() 같은 정적 구현을 ​​사용한다. 그러나 검색을 위해서 StringBuilder을 인스턴스화하는 것은 잔인하며 약간 문자열 조작을 관리하기 위해 버퍼를 할당하므로 더 낭비 적이기 때문입니다. 나는 갈 수 있었다 :). 그러나 그것은 대답에 추가하지 않는다.